เดิมทุ่งครุมีฐานะเป็น ตำบลทุ่งครุ ขึ้นอยู่กับอำเภอราษฎร์บูรณะ จังหวัดธนบุรี ต่อมาอำเภอราษฎร์บูรณะได้ถูกโอนไปขึ้นกับจังหวัดพระประแดงอยู่ช่วงหนึ่ง จนกระทั่งจังหวัดนี้ถูกยุบลงเป็นอำเภอในจังหวัดสมุทรปราการ อำเภอราษฎร์บูรณะรวมทั้งตำบลทุ่งครุจึงกลับมาอยู่ในการปกครองของจังหวัดธนบุรีอีกครั้ง และภายหลังได้มีการยุบรวมจังหวัดธนบุรีและจังหวัดพระนคร เปลี่ยนฐานะเป็นนครหลวงกรุงเทพธนบุรีและกรุงเทพมหานคร ซึ่งได้เปลี่ยนการเรียกชื่อตำบลและอำเภอใหม่ด้วย ตำบลทุ่งครุจึงได้รับการเปลี่ยนแปลงฐานะเป็น แขวงทุ่งครุ ขึ้นกับสำนักงานเขตราษฎร์บูรณะ จนกระทั่งวันที่ 18 พฤศจิกายน พ.ศ. 2540 ได้มีประกาศกระทรวงมหาดไทยจัดตั้ง เขตทุ่งครุ ขึ้น โดยแบ่งพื้นที่ทางทิศใต้ของเขตราษฎร์บูรณะออกมา 2 แขวง