อำเภอบางขุนเทียน เดิมเคยเป็นที่อยู่อาศัยของชาวมอญที่อพยพมาจากจังหวัดสมุทรสงคราม ในช่วงปลายรัชกาลที่ 4[2] เป็นอำเภอที่เก่าแก่ สันนิษฐานว่าก่อตั้งในปี พ.ศ. 2410 เดิมขึ้นอยู่กับจังหวัดธนบุรี ซึ่งต่อมาพื้นที่ทางทิศตะวันออกเฉียงเหนือของอำเภอ (บริเวณริมคลองด่าน คลองดาวคะนอง และคลองบางขุนเทียน) มีความเจริญและมีชุมชนเพิ่มขึ้น ทางราชการจึงได้จัดตั้งเทศบาลนครธนบุรีขึ้นในปี พ.ศ. 2479 โดยให้ตำบลบางค้ออยู่ในท้องที่ด้วย และจัดตั้งสุขาภิบาลบางขุนเทียนขึ้นในพื้นที่บางส่วนของตำบลบางขุนเทียนและตำบลบางมดในปี พ.ศ. 2508

ภายหลังได้มีการรวมจังหวัดธนบุรีและจังหวัดพระนครเป็นนครหลวงกรุงเทพธนบุรีและเปลี่ยนเป็นกรุงเทพมหานคร แบ่งพื้นที่ออกเป็นเขตและแขวงแทนอำเภอและตำบล อำเภอบางขุนเทียนจึงได้รับการเปลี่ยนแปลงฐานะเป็น เขตบางขุนเทียน กรุงเทพมหานคร มีเขตการปกครอง 7 แขวง ได้แก่ แขวงบางขุนเทียน แขวงบางค้อ แขวงจอมทอง แขวงบางมด แขวงท่าข้าม แขวงบางบอน และแขวงแสมดำ

ต่อมาในพื้นที่เขตมีประชากรหนาแน่นขึ้นมาก เพื่อให้หน่วยงานต่าง ๆ สามารถดูแลประชาชนได้อย่างทั่วถึง กรุงเทพมหานครจึงตั้งสำนักงานเขตบางขุนเทียน สาขา 1 ดูแลพื้นที่ 4 แขวง ซึ่งได้แยกออกไปเป็นเขตจอมทองในปี พ.ศ. 2532 และเมื่อปี พ.ศ. 2540 ได้มีประกาศกระทรวงมหาดไทย แยกแขวงบางบอนออกไปตั้งเป็นเขตบางบอน