พื้นที่เขตบางคอแหลมเดิมขึ้นอยู่กับอำเภอบ้านทะวาย จังหวัดพระประแดง ต่อมาอำเภอบ้านทะวายย้ายมาขึ้นกับจังหวัดพระนคร และเปลี่ยนชื่อเป็นอำเภอยานนาวาและเขตยานนาวา กรุงเทพมหานครในสมัยต่อมา

ภายหลังพื้นที่เขตยานนาวามีความเจริญและมีประชากรหนาแน่นขึ้น รวมทั้งพื้นที่บางแห่งอยู่ไกลจากสำนักงานเขต ในวันที่ 18 เมษายน พ.ศ. 2532 กรุงเทพมหานครจึงได้จัดตั้งสำนักงานเขตยานนาวา สาขา 2 (แขวงบางคอแหลม) ดูแลพื้นที่เขตยานนาวา 3 แขวง คือ แขวงบางคอแหลม แขวงวัดพระยาไกร และแขวงบางโคล่ และต่อมาได้แยกเขตปกครองออกมาเป็น เขตบางคอแหลม กรุงเทพมหานคร เมื่อวันที่ 9 พฤศจิกายน พ.ศ. 2532 ตามประกาศกระทรวงมหาดไทย