บางบอนในอดีตเป็นชื่อหมู่บ้านแห่งหนึ่งที่มีความเก่าแก่อย่างน้อยตั้งแต่สมัยต้นกรุงรัตนโกสินทร์ โดยมีหลักฐานเป็นวรรณคดีหลายเรื่องที่กล่าวถึง ได้แก่ โคลงนิราศทวาย (โคลงนิราศไปแม่น้ำน้อย) ของพระพิพิธสาลีในสมัยรัชกาลที่ 1[2] โคลงนิราศนรินทร์ของนายนรินทรธิเบศร์ (อิน) ในสมัยรัชกาลที่ 2[3] และนิราศเมืองเพชรของสุนทรภู่ในสมัยรัชกาลที่ 4[4][5] ต่อมาเมื่อมีการจัดการปกครองส่วนภูมิภาคโดยแบ่งออกเป็นมณฑล จังหวัด อำเภอ ตำบล และหมู่บ้าน บางบอนจึงกลายมาเป็นท้องที่การปกครองของอำเภอบางขุนเทียน จังหวัดธนบุรี โดยในพื้นที่แถบนี้รวมทั้งพื้นที่ใกล้เคียงมีการปรับเปลี่ยนเขตการปกครองหลายครั้ง ในที่สุดเมื่อปี พ.ศ. 2483 ทางราชการได้ยุบรวมท้องที่ตำบลบางบอนเหนือ ตำบลบางบอนใต้ และตำบลแสมดำเข้าด้วยกันและตั้งเป็น ตำบลบางบอน ขึ้น[6]

ในปี พ.ศ. 2514 จังหวัดธนบุรีถูกรวมเข้ากับจังหวัดพระนคร เปลี่ยนฐานะเป็นนครหลวงกรุงเทพธนบุรี[7] และในปี พ.ศ. 2515 จึงเปลี่ยนแปลงฐานะเป็นกรุงเทพมหานคร[8] ซึ่งได้เปลี่ยนการเรียกหน่วยการปกครองใหม่ด้วย ตำบลบางบอนจึงได้รับการเปลี่ยนแปลงฐานะเป็น แขวงบางบอน และอยู่ในเขตการปกครองของสำนักงานเขตบางขุนเทียน

ภายหลังในเขตบางขุนเทียนมีความเจริญและมีประชากรหนาแน่นขึ้นมาก เพื่อให้การปกครองและการอำนวยความสะดวกแก่ประชาชนเป็นไปอย่างมีประสิทธิภาพ ในวันที่ 14 ตุลาคม พ.ศ. 2540 กระทรวงมหาดไทยจึงประกาศแยกพื้นที่แขวงบางบอนออกจากเขตบางขุนเทียนตั้งเป็น เขตบางบอน โดยสำนักงานเขตบางบอนได้เปิดให้บริการตั้งแต่วันที่ 6 มีนาคม พ.ศ. 2541[9] เป็นสำนักงานเขตลำดับที่ 50 ของกรุงเทพมหานคร เดิมตั้งอยู่ที่อาคารตลาดสดเทพยดาอารักษ์ หมู่ที่ 4 แขวงบางบอน[10] ต่อมาในปี พ.ศ. 2547 ได้ย้ายมาตั้งสำนักงานเขตถาวรที่ซอยเอกชัย 135/1 หมู่ที่ 3 แขวงบางบอน[10]