การปกครองคณะสงฆ์ระดับจังหวัดเป็นไปตาม พรบ.คณะสงฆ์ พ.ศ. 2505 ฉบับแก้ไข พ.ศ. 2535 ที่จัดให้มีการปกครองคณะสงฆ์ระดับต่าง ๆ ลดหลั่นกันไปจนกระทั่งถึงระดับจังหวัด โดยจังหวัดอุตรดิตถ์ ที่มีการปกครองคณะสงฆ์อยู่ภายใต้ เขตปกครองคณะสงฆ์หนเหนือ เขตปกครองคณะสงฆ์มหานิกาย ภาค 5 โดยจัดแบ่งการปกครองภายในเป็น 9 อำเภอ (9 เจ้าคณะเภอ) 59 ตำบล (59 เจ้าคณะตำบล)ปัจจุบันในฝ่ายคณะสงฆ์มหานิกายมีพระปัญญากรโมลี (นิพนธ์ ปญฺญาสาโร) วัดท่าไม้เหนือ เป็น เจ้าคณะจังหวัดอุตรดิตถ์ธรรมยุตมีพระวินัยสาทร วัดพระแท่นศิลาอาสน์ พระอารามหลวง เป็น เจ้าคณะจังหวัดอุตรดิตถ์-พิษณุโลก