ฝ่ายญี่ปุ่นเคารพขอบเขตของเขตปลอดภัยนานกิง ไม่มีการยิงกระสุนปืนใหญ่ตกลงในส่วนอันนำไปสู่การยึดครองของญี่ปุ่น ยกเว้นกระสุนบางนัดที่หลงเข้ามา ระหว่างความโกลาหลอันเกิดจากการโจมตีนานกิง มีบางคนถูกฆ่าในเขตปลอดภัย แต่ความโหดร้ายที่เกิดขึ้นในส่วนที่เหลือของเมืองก็ยังมากกว่าตามคำบอกเล่า

ความโหดร้ายที่ทหารญี่ปุ่นกระทำในเขตปลอดภัยนั้นเป็นเพียงส่วนเล็ก ๆ ในการสังหารหมู่นานกิงที่ใหญ่กว่ามาก คณะกรรมการระหว่างประเทศได้ร้องขอให้กองทัพญี่ปุ่นหยุดการกระทำดังกล่าวหลายครั้ง โดยราเบอได้ใช้สถานภาพสมาชิกพรรคนาซีรับรอง แต่ก็ไม่เกิดประโยชน์อันใด ในบางครั้ง ทหารญี่ปุ่นเข้ามาในเขตปลอดภัยตามใจชอบ โดยนำชายและหญิงหลายร้อยคนออกไป แล้วจึงประหารชีวิตพวกเขาหรือข่มขืนก่อนจะฆ่าทิ้ง[2] กองทัพญี่ปุ่นกล่าวอ้างว่ามีทหารกองโจรอยู่ในเขตปลอดภัยและกล่าวหาราเบอที่อนุญาตให้ใครก็ตามที่ไม่ได้อยู่ในเครื่องแบบทหารเข้าไปในเขตปลอดภัยได้ ทหารญี่ปุ่นจึงฝ่าฝืนเข้าไปในเขตดังกล่าวด้วยเหตุผลนี้