เขตมิสซังกรุงเทพฯ มีพัฒนาการสืบต่อมาจากเขตมิสซังสยาม (Apostolic Vicarate of Siam) ซึ่งเป็นเขตผู้แทนพระสันตะปาปาแห่งแรกของศาสนจักรคาทอลิกในสยามที่ก่อตั้งมาตั้งแต่รัชสมัยสมเด็จพระนารายณ์มหาราช[2] ต่อมาเขตมิสซังสยามถูกแบ่งออกเป็นสองเขตมิสซัง โดยกรุงเทพขึ้นกับเขตมิสซังสยามตะวันออก (Vicariate Apostolic of Siam Orientale) ในปี ค.ศ. 1841 และเป็นเขตมิสซังกรุงเทพฯ ในปี ค.ศ. 1924 เมื่อเห็นว่างานเผยแผ่ศาสนาในแผ่นดินไทยมีความเจริญก้าวหน้าเป็นอย่างดี สมเด็จพระสันตะปาปาปอลที่ 6 จึงได้ทรงสถาปนาเขตมิสซังกรุงเทพฯ ขึ้นเป็นอัครมุขมณฑล (Archdiocese) เมื่อวันที่ 18 ธันวาคม ค.ศ. 1965[3] โดยมีพื้นที่ครอบคลุมภาคกลางของประเทศไทย แต่ทางราชการไทยยังคงเรียกว่าเขตมิสซังกรุงเทพฯ พระคุณเจ้ายอแซฟ ยวง นิตโย ประมุขมิสซังกรุงเทพฯ องค์สุดท้ายได้รับแต่งตั้งเป็นอัครมุขนายกองค์แรกของมิสซังโรมันคาทอลิกกรุงเทพฯ

ต่อมาพื้นที่บริเวณภาคกลางตอนบนถูกยกสถานะขึ้นเป็นเขตมิสซังนครสวรรค์ในวันที่ 25 กุมภาพันธ์ ค.ศ. 1967[3] เขตมิสซังกรุงเทพฯ ปัจจุบันจึงมีพื้นที่เหลือครอบคลุม 11 จังหวัดข้างต้น