ระบบฐานข้อมูลของเคมสไปเดอร์ จะเชื่อมโยงโครงข่ายไปสู่แหล่งข้อมูลที่เชื่อถือได้กว่า 100 แห่ง วิธีการสืบค้นคล้ายกับการค้นหาข้อมูลทั่วไป ข้อมูลที่สามารถสืบค้นได้จากเคมสไปเดอร์ เช่น สูตรเคมี โครงสร้างทางเคมี ชื่อสารเคมี ชื่อยา ซึ่งในการสืบค้นนั้นจะใช้ชื่อทางการค้าหรือชื่อสามัญก็ได้ นอกจากนี้ระบบยังได้เชื่อมโยงเข้ากับข้อมูลของวิกิพีเดียด้วย[1]