ปัจจุบันมีด้วยกันหลายวิธี ดังนี้:

• ผลึกศาสตร์ (Crystallography) : วิธีนี้เป็นวิธีที่ละเอียดแม่นยำที่สุด แต่มันก็มีความยากมากที่จะเลี้ยงผลึกให้มีขนาดใหญ่และมีคุณภาพดีเพื่อที่จะได้รูปที่ชัดเจนเพื่อการวิเคราะห์
• การวิเคราะห์ธาตุเคมี (Elemental Analysis) : เป็นวิธีการแยกสลายโมเลกุลเพื่อให้ได้ธาตุเคมีสำหรับการวิเคราะห์
• อินฟราเรด สเปกโทรสโกปี (Infrared spectroscopy) : เป็นวิธีที่ใช้วิเคราะห์ว่ามีหรือไม่มี ฟังก์ชันนัลกรุป
• แมส สเปกโทรเมทรี (Mass spectrometry) : เป็นวิธีที่ใช้หา น้ำหนักโมเลกุล (molecular weight) ของสารประกอบอินทรีย์และโครงสร้างทางเคมีของสารดังกล่าว
• นิวเคลียร์ แมกเนติก เรโซแนน สเปกโทรสโกปี (Nuclear magnetic resonance (NMR) spectroscopy)
• ยูวีวิสซิเบิล สเปกโทรสโกปี (UV/VIS spectroscopy) : เป็นวิธีที่ใช้หาระดับขั้นของการเชื่อมต่อกันในระบบ