ต้นไม้วิวัฒนาการชาติพันธุ์รุ่นต้น ๆ โดยเฮเกิล (Ernst Haeckel) ปี 2409 กลุ่มที่ครั้งหนึ่งเคยพิจารณาว่าได้วิวัฒนาการก้าวหน้ากว่า เช่น สัตว์ปีก (ชั้น Aves) จะอยู่ที่ยอด

ไอเดียเกี่ยวกับเคลดไม่มีในยุคการจัดอนุกรมวิธานแบบลิเนียนก่อนดาร์วินซึ่งจัดอาศัยความคล้ายคลึงกันทางสัณฐานทั้งภายในภายนอกระหว่างสิ่งมีชีวิตต่าง ๆแต่ก็บังเอิญว่า กลุ่มสัตว์ที่รู้จักกันดีในงาน Systema Naturae ของลินเนียส (โดยเฉพาะภายในกลุ่มสัตว์มีกระดูกสันหลัง) จริง ๆ ก็เป็นเคลดด้วยอย่างไรก็ดี วิวัฒนาการเบนเข้าก็เป็นเหตุของสิ่งมีชีวิตจำนวนมากที่คล้ายคลึงกันทางสัณฐานจึงชวนให้เข้าใจผิด เพราะจริง ๆ สืบสายพันธุ์มาคนละสาย

เมื่อเข้าใจมากขึ้นในช่วงครึ่งแรกของคริสต์ศตวรรษที่ 19 ว่า สปีชีส์จะเปลี่ยนไปแล้วแยกออกจากกันโดยใช้เวลายาวนานการจัดหมวดหมู่จึงเห็นมากขึ้นว่าเป็นสาขาต่าง ๆ ของต้นไม้วิวัฒนาการของชีวิตทฤษฎีวิวัฒนาการของดาร์วินที่พิมพ์ในปี 2402 ให้น้ำหนักต่อมุมมองนี้ทอมัส เฮ็นรี่ ฮักซ์ลีย์ ผู้สนับสนุนทฤษฎีของดาร์วินคนแรก ๆ คนหนึ่ง ก็ได้เสนอแก้การจัดอนุกรมวิธานโดยอาศัยเคลด[4]ยกตัวอย่างเช่น เขาจัดกลุ่มนกเข้ากับสัตว์เลื้อยคลานโดยอาศัยหลักฐานซากดึกดำบรรพ์[4]

นักชีววิทยาชาวเยอรมันอีมิล ฮานส์ วิลลี เฮ็นนิก (2456 - 2519) ผู้ก่อตั้งสาขาแคลดิสติกส์[5]ได้เสนอระบบการจัดหมวดหมู่ที่แสดงการแยกออกเป็นสาขา ๆ ของต้นไม้ตระกูล (พงศาวลี)เทียบกับระบบก่อน ๆ ที่จัดสิ่งมีชีวิตเป็น "ขั้นบันได" โดยแสดงสิ่งมีชีวิตที่ "ก้าวหน้า" กว่าบนยอด[2][6]

นักอนุกรมวิธานจึงได้จัดระบบการจัดหมวดหมู่ ให้สะท้อนกระบวนการวิวัฒนาการมากขึ้นตั้งแต่นั้น[6]แต่ถ้าเป็นเรื่องการตั้งชื่อ หลักนี้บางครั้งจะไม่เข้ากับการตั้งชื่อตามชั้นตามระบบของลินเนียสเพราะในระบบหลัง หน่วยที่สัมพันธ์กับ "ลำดับชั้น" (rank) เท่านั้นจะมีชื่อ แต่ก็ไม่มีลำดับชั้นเพียงพอที่จะตั้งชื่อตามเคลดมากมายที่มีโครงสร้างแบบซ้อนในอนึ่ง ชื่อหน่วยอนุกรมวิธานไม่ได้นิยามให้แน่นอนว่าจะหมายถึงเคลดเพราะเหตุผลนี้และอื่น ๆ จึงมีการพัฒนา "การตั้งชื่อตามวิวัฒนาการชาติพันธุ์" (phylogenetic nomenclature)ซึ่งยังไม่มีมติร่วมกัน

เหล่านี้เป็นชื่อเคลดรวมทั้ง Gavialidae, Crocodylidae และ Alligatoridae ซึ่งใช้กับต้นไม้วิวัฒนาการชาติพันธุ์ของสัตว์อันดับจระเข้