เคาน์ตีแห่งฟลานเดอส์ (อังกฤษ: County of Flanders; ดัตช์: Graafschap Vlaanderen; เฟลมิช: Groafschap Vloandern; ฝรั่งเศส: Comté de Flandre) เป็นอาณาจักรในอดีตที่มีเขตแดนอยู่ภายในกลุ่มประเทศแผ่นดินต่ำตั้งแต่ ค.ศ. 862 เป็นต้นมา บรรดาศักดิ์ "เคานต์แห่งฟลานเดอส์" เป็นหนึ่งในสิบสองบรรดาศักดิ์สำคัญของราชอาณาจักรฝรั่งเศส โดยมีศูนย์กลางอยู่ใกล้ ๆ กับเมืองเกนต์ บรูช และอีเปอร์ (ในเบลเยียมปัจจุบัน) ซึ่งเคยเป็นแคว้นที่สำคัญแห่งหนึ่งของยุโรปในอดีตก่อนช่วง ค.ศ. 1477 ดินแดนนี้ตกเป็นเมืองประเทศราชของฝรั่งเศสโดยตั้งอยู่ฝั่งตะวันตกของแม่น้ำสเกลต์ โดยเรียกว่า "รอยัลฟลานเดอส์" (ดัตช์: Kroon-Vlaanderen; ฝรั่งเศส: Flandre royale) นอกจากนี้ตั้งแต่ช่วงภายหลังศตวรรษที่ 11 เป็นต้นมา เคานต์แห่งฟลานเดอส์มีอำนาจเหนือดินแดนฝั่งตะวันออกของแม่น้ำโดยเป็นรัฐศักดินาในจักรวรรดิโรมันอันศักดิ์สิทธิ์ โดยเรียกว่า "อิมพิเรียลฟลานเดอส์" (ดัตช์: Rijks-Vlaanderen; ฝรั่งเศส: Flandre impériale) ในช่วง ค.ศ. 1384 เป็นต้นมากลายเป็นส่วนหนึ่งของเนเธอร์แลนด์ของบูร์กอญซึ่งมีความสัมพันธ์ที่ไม่ค่อยสู้ดีนักกับราชสำนักฝรั่งเศส และในที่สุดเคาน์ตีได้ตกเป็นของจักรวรรดิจากสนธิสัญญามาดริดใน ค.ศ. 1526 และสงครามสันนิบาตกอญักใน ค.ศ. 1529ต่อมาใน ค.ศ. 1795 ก็ได้ยึดครองดินแดนที่เสียไปกลับมา ซึ่งเคยอยู่ในเนเธอร์แลนด์ของออสเตรีย และได้ถูกผนวกเข้ากับฝรั่งเศสในสมัยสาธารณรัฐฝรั่งเศส และต่อมาในยุทธการวอเตอร์ลู เคาน์ตีนี้ก็ได้ผนวกเข้ากับสหราชอาณาจักรเนเธอร์แลนด์ใน ค.ศ. 1815 ดินแดนในอาณาเขตเคาน์ตีแห่งฟลานเดอส์ในอดีตนั้น (ยกเว้นบริเวณฟลานเดอส์ของฝรั่งเศส ถือเป็นดินแดนที่เป็นส่วนหนึ่งของราชอาณาจักรฝรั่งเศสตั้งแต่ยุคกลางที่ตั้งอยู่นอกเขตแดนฝรั่งเศสในปัจจุบัน