พงศาวดารพม่าบันทึกว่าพระเจ้าอโนรธามังช่อ (ได้รับพระพุทธศาสนาเถรวาทจากพระสงฆ์ชาวมอญสมัยอาณาจักรสุธรรมวดี)[2] ได้ริเริ่มการก่อสร้างพระเจดีย์ระหว่างปี พ.ศ. 1602–1603 จนกระทั่งพระองค์สวรรคตด้วยอุบัติเหตุระหว่างออกล่าสัตว์ เนื่องจากถูกกระบือเผือกขวิด ในปี พ.ศ. 1620[3][4]:151,156[5][6] โดยอ้างอิงตามพงศาวดารของพระองค์ จุดที่สร้างพระเจดีย์เกิดจากช้างเผือกเสี่ยงทายของพระองค์อัญเชิญพระอุณหิสธาตุ (กระดูกหน้าผาก) ของพระพุทธเจ้า และพระองค์ได้ตั้งจิตอธิษฐานไว้ว่า ถ้าช้างเผือกหยุดเดินลงที่ใดจะสร้างเจดีย์ไว้ที่นั่น ช้างเผือกของพระองค์เดินมาหยุดอยู่ ณ หาดทรายริมฝั่งแม่น้ำอิรวดี พระองค์จึงดำริให้สร้างพระเจดีย์ ณ ที่ตรงนั้น ดังนั้นชื่อเจดีย์ชเวซี่โกน จึงหมายถึง "เจดีย์ทองบนพื้นทราย" ในภาษาพม่า[1][7]

พระเจดีย์สร้างเสร็จสมบูรณ์ในรัชสมัยของพระเจ้าจานซิต้า (พ.ศ. 1627–1655) ขณะที่ฐานระเบียงเจดีย์ด้านล่างถูกสร้างขึ้นสมัยพระเจ้าอโนรธามังช่อ ส่วนโครงสร้างที่เหลือถูกสร้างในสมัยพระเจ้าจานซิต้า ปีสุดท้ายของการเสร็จสิ้นการก่อสร้างคือปี พ.ศ. 1629 และพระพุทธรูปสี่องค์ในระดับพื้นดินรอบพระเจดีย์เชื่อว่าถูกสร้างในช่วงเวลาเดียวกัน[3][6] พระเจดีย์เป็นแบบจำลองของพุทธคยา สถานที่ตรัสรู้ของพระสัมมาสัมพุทธเจ้าในประเทศอินเดีย[8]

พระเจดีย์ได้รับความเสียหายจากการเกิดแผ่นดินไหวและภัยพิบัติทางธรรมชาติอื่น ๆ ตลอดหลายศตวรรษที่ผ่านมา ได้รับการบูรณะใหม่เป็นครั้งคราว และได้รับการบูรณะซ่อมแซมครั้งใหญ่ในสมัยพระเจ้าบุเรงนอง (พ.ศ. 2094–2124) ช่วงพุทธศตวรรษที่ 26 ในปี พ.ศ. 2518 เกิดแผ่นดินไหวครั้งใหญ่ในพุกาม ยอดฉัตรและองค์เจดีย์ได้รับความเสียหายเป็นจำนวนมากจำเป็นต้องบูรณะครั้งใหญ่ ปัจจุบันการบริจาคเพื่อบูรณะเจดีย์ได้รับความนิยมอย่างมาก โดยมีแผ่นทองแดงมากกว่า 30,000 แผ่นซึ่งได้รับบริจาคจากผู้ศรัทธาทั้งในประเทศและต่างประเทศ การปิดทองขององค์เจดีย์เสร็จสิ้นในช่วงปี พ.ศ. 2526-พ.ศ. 2527 และอีกครั้งในช่วงเวลาเมื่อไม่นานมานี้ อย่างไรก็ตามฐานระเบียงเจดีย์ระดับล่างยังคงอยู่ในรูปแบบเดิม[5]