หลังจากการสูญเสียบุคคลที่รักคนหนึ่งตอนอายุ 20 ปี  เจนนิเฟอร์ ลีต้องการจะเล่าเรื่องต่าง ๆ ของเธอ และเมื่ออายุราว 30 ปี เธอก็เข้าเรียนที่วิทยาลัยศิลปศาสตร์ มหาวิทยาลัยโคลัมเบีย และได้รับปริญญาโท ศิลปศาสตร์สาขาภาพยนตร์ (MFA in film) [7] ที่มหาวิทยาลัย เธอได้พบ Phil Johnston ซึ่งในเวลาต่อมาก็เป็นเพื่อนร่วมงาน ผู้เขียนบทภาพยนตร์แอนิเมชัน Wreck-It Ralph  ลีสำเร็จการศึกษาจากมหาวิทยาลัยโคลัมเบียในปี 2005[8] และพักอยู่ในเมืองนิวยอร์ก ที่ๆ เธอสร้างสมประสบการณ์ต่าง ๆ ทางด้านภาพยนตร์แนวไลฟ์แอคชัน ทำหน้าที่เป็นผู้ช่วยผู้กำกับและเป็นผู้ผลิตภาพยนตร์สั้น "A Thousand Words" ในปี 2004 [9]

ในเดือนมีนาคม ปี 2011 Johnston โทรศัพท์ตามลีขอให้เธอไปร่วมงานกับเขาที่ดิสนีย์แอนิเมชันที่เบอร์แบงก์ ช่วยงานเขียน Wreck-It Ralph ที่คาดว่าจะเป็นงานเขียนชั่วคราวแปดสัปดาห์ ท้ายที่สุดก็กลายเป็นความผูกพันที่ยาวนานอย่างมาก  แรกสุดเขาขอให้เธอเขียนเรื่อง Ralph จนเสร็จเท่านั้น  แต่แล้วเธอก็กลายเป็นเกี่ยวพันกับเรื่อง Frozen ซึ่งเธอเริ่มต้นเขียนบท จากนั้นก็ทำหน้าที่ร่วมกำกับภาพยนตร์กับ คริส บัก  เมื่อลีถูกนำเข้าคณะกรรมการบริหารของดิสนีย์ เธอก็ช่วยแปลงเรื่องจากแนวแอคชัน-ผจญภัย ให้มีเสียงเพลงและคอมเมดี้มากขึ้น [10] เธอทำงานอย่างใกล้ชิดกับผู้แต่งเพลง (โรเบิร์ต โลเปซ และ คริสเท่น แอนเดอร์สัน-โลเปซ) ในการเขียนสคริปต์  Frozen ให้โอกาสลีฉลองความเป็นผู้หญิง "ป่าและมหัศจรรย์" อย่างวัยเด็กของเธอเองและลูกสาว (Agatha)  ภาพยนตร์แอนิเมชันนี้ทำรายได้สูงสุดในประเทศในกลุ่มผู้กำกับหญิง และมีที่ทำได้สูงกว่าคือ Wonder Woman ของวอร์เนอร์บราเธอส์[11]

เมื่อวันที่ 17 พฤษภาคม ปี 2014 เจนนิเฟอร์ ลีให้คำสุนทรพจน์ในการเปิดปีการศึกษาของนักศึกษารุ่นปี 2014 ที่มหาวิทยาเก่าของเธอ คือ มหาวิทยาลัยแห่งนิวแฮมป์เชียร์ (UNH) [12][13][14] เธอเปิดเผยว่า เธอต้องต่อสู้กับความสงสัยในตัวเองตอนกำลังโตขึ้น [15]:2:00 และในเดือนเมษายนของปีที่ 3 (ในมหาวิทยาลัย) แฟนหนุ่มของเธอเสียชีวิตจากอุบัติเหตุทางเรือ หลังจากนั้นเธอรู้สึกว่า " ไม่ต้องสงสัย มีแต่ความเศร้า ... และในระยะเวลาสั้น ๆ ...  [เลยรู้ว่า] ดีกว่าที่จะทำอะไรสูญเปล่ากับความสงสัยในตัวรอบสอง ":6:18 แล้วปีต่อๆ มา ความทรงจำนั้นช่วยให้เธอเอาชนะความสงสัยแรกว่าตัวเธอเองนั้นดีพอที่จะสมัครเข้าโคลัมเบียหรือไม่ :7:10 ที่โคลัมเบีย Phil Johnston จำได้ว่า ลีมีพรสวรรค์ แต่ขาดความมั่นใจ และวันหนึ่งเขาก็ขอให้เธอ "สัญญาว่า จะปลดปล่อยมันออกไปจากงาน ขอให้รู้ว่าคุณดีพอ ขอให้เดินหน้าต่อไป"  ลีสรุปว่า "ถ้าฉันได้เรียนรู้สิ่งหนึ่ง ก็คือ ความสงสัยในตัวเองเป็นหนึ่งในแรงผลักทำลายตัวเองที่สุด มันเป็นแค่การป้องกันตัวเองแทนที่จะเปิดรับ เป็นปฏิกิริยาโต้ตอบแทนที่จะกระตือรือร้น  ความสงสัยในตัวเองเป็นเรื่องที่เราทุกคนเห็นด้วยกันว่าควรเลิก ... โปรดทราบว่า คุณทุกคนดีพอ และกล้าพูดได้ว่า เกินพอ." UNH ได้มอบปริญญาดุษฎีกิตติมศักดิ์ สาขาอักษรศาสตร์ (Doctor of Humane Letters) ให้แก่ลี ในวันเดียวกันนั้น[16]

ในเดือนกันยายน ปี 2014 มีการประกาศให้ลี และคริส บัก ร่วมกำกับภาพยนตร์สั้น เรื่อง Frozen Fever ซึ่งนำเสนอตัวละครหลักของ Frozen และเผยแพร่ในเดือนมีนาคม 2015[17] ลีเป็นหนึ่งในนักเขียนและผู้กำกับดิสนีย์ที่ได้รับเครดิตผู้นำการสร้างสรรค์ (Leadership Creative) ในภาพยนตร์เรื่อง Big Hero 6 (2014) และ Moana (2016) และได้รับสกรีนเครดิตเป็นหนึ่งในนักเขียนที่พัฒนาเนื้อเรื่องของภาพยนตร์  Zootopia (2016)[18][19][20]

ในเดือนสิงหาคมปี 2014 นิตยสาร Variety รายงานว่าโครงการต่อไปของลีหลังจาก Frozen จะเป็นการดัดแปลงจากนวนิยาย A Wrinkle in Time ปี 1962 ของนักเขียน Madeleine L'Engle [21][22] หลังจากข่าวรั่ว ลีก็ทวีตว่า "รักหนังสือนี้มานานกว่า 30 ปี การเขียนบทเรื่องนี้เป็นโลกของฉัน" [23] Catherine Hand (ผู้อำนวยการสร้างภาพยนตร์โทรทัศน์เวอร์ชันปี 2003) และ Jim Whitaker เป็นผู้สร้างให้กับดิสนีย์, และเอวา ดูเวอร์เนย์ (Ava DuVernay) กำกับภาพยนตร์ตามบทเขียนใหม่ของลี A Wrinkle in Time (ย่นเวลาทะลุมิติ) ถูกเผยแพร่ในเดือนมีนาคม 2018.[24][25]

เมื่อวันที่ 12 มีนาคม 2015 ดิสนีย์ประกาศว่า ลีและคริส บัก จะร่วมกำกับภาพยนตร์ภาคต่อของ Frozen.[26]