ไคเปอร์เกิดเมื่อวันที่ 7 ธันวาคม พ.ศ. 2448 (1905) ที่หมู่บ้านเตยเจินฮอร์น (Tuitjenhorn) ในเขตเทศบาลฮาเริงการ์สเปิล (Harenkarspel) เป็นบุตรของช่างตัดเสื้อในชนบททางเหนือของเนเธอร์แลนด์ เขาสนใจดาราศาสตร์มาตั้งแต่เด็ก และมีพรสวรรค์สามารถมองเห็นดาวที่มีความสว่างเพียง 7.5 แมกนิจูดด้วยตาเปล่า (ดีกว่าคนปกติ 4 เท่า)

เขาเข้าเรียนในมหาวิทยาลัยไลเดิน ที่ซึ่งผลิตนักดาราศาสตร์ที่ประสบความสำเร็จจำนวนมาก เขาสนิทกับบาร์ต บ็อก (Bart Bok) และปีเตอร์ โอสเตอร์โฮฟฟ์ (Pieter Oosterhoff) และได้เรียนกับไอนาร์ แฮตซ์สปร็อง (Ejnar Hertzsprung), อันโตนี ปันเนอกุก (Antonie Pannekoek), วิลเลิม เดอ ซิตเตอร์ (Willem de Sitter), ยัน โวลเจอร์ (Jan Woltjer), ยัน โอร์ต (Jan Oort) และเพาล์ เอเรินเฟ็สท์ (Paul Ehrenfest)

ไคเปอร์สำเร็จวิทยานิพนธ์เรื่องระบบดาวฤกษ์คู่ (binary stars) ส่งแฮตซ์สปร็องเมื่อ พ.ศ. 2476 (1933)

หลังจากที่ไปรัฐแคลิฟอร์เนียเพื่อศึกษาอยู่กับรอเบิร์ต แกรนต์ เอกเกน (Robert Grant Aitken) ที่หอดูดาวลิก

พ.ศ. 2478 (1935) ได้งานสอนที่หอดูดาววิทยาลัยฮาร์วาร์ด (Harvard College Observatory) ที่ซึ่งเขาได้พบกับซาราห์ พาร์กเกอร์ ฟุลเลอร์ และแต่งงานกันเมื่อ 20 มิถุนายน พ.ศ. 2479 (1936)

แม้วางแผนไว้ว่าจะย้ายไปรับงานที่หอดูดาวโบสซา (Bosscha Observatory) บนเกาะชวา แต่เขาก็ไปรับทำงานที่หอดูดาวเยอร์คีส (Yerkes Observatory) แห่งมหาวิทยาลัยชิคาโก พร้อมกับได้สัญชาติอเมริกันเมื่อ พ.ศ. 2480 (1937)

ไคเปอร์ใช้ชีวิตการทำงานส่วนใหญ่ที่มหาวิทยาลัยชิคาโก แต่ก็ย้ายไปเมืองทูซอน รัฐแอริโซนา เมื่อ พ.ศ. 2503 (1960) เพื่อก่อตั้งศูนย์ปฏิบัติการดาวเคราะห์และดวงจันทร์ (Lunar and Planetary Laboratory) ที่มหาวิทยาลัยแอริโซนาซึ่งเขาเป็นผู้อำนวยการ จนกระทั่งเสียชีวิตเมื่อ 23 ธันวาคม พ.ศ. 2516 (1973) ขณะพักผ่อนพร้อมภรรยาในกรุงเม็กซิโกซิตี