แฮงค์ พาร์สัน นำทีมออกเดินทางเพื่อตามหาปู่ของ ฌอน แอนเดอร์สัน ที่หายตัวไปแถบที่เชื่อว่ามีเกาะมหัศจรรย์ตามนิยายของจูลส์ เวิร์น พร้อมกับพาไคลานี และนักบินเพี้ยนๆ ชื่อกาบาโตมาด้วย แล้วค้นพบเกาะในตำนานมีสัตว์เล็กกลายเป็นสัตว์ใหญ่ และสัตว์ใหญ่กลายเป็นสัตว์เล็ก คุและพวกเขาพบว่าเกาะกำลังจะถล่ม จึงต้องหาทางหนีเอาชีวิตรอดออกมา