แต่เดิมมาตำแหน่งสมเด็จพระราชาคณะเป็นตำแหน่งเจ้าคณะใหญ่ ในยุครัตนโกสินทร์ตอนต้น แบ่งการปกครองคณะสงฆ์เป็น 3 คณะ คือ คณะเหนือ คณะใต้ และคณะอรัญวาสีโดยมีสมเด็จพระราชาคณะเป็นเจ้าคณะใหญ่ ดังนี้

1. สมเด็จพระวันรัตน์ เป็นเจ้าคณะใหญ่คณะเหนือ
2. สมเด็จพระพุทธโฆษาจารย์ เป็นเจ้าคณะใหญ่คณะใต้
3. สมเด็จพระพุฒาจารย์ เป็นเจ้าคณะใหญ่คณะอรัญวาสี (ตำแหน่งนี้ทรงสถาปนาเป็นสมเด็จพระพุฒาจารย์ตั้งแต่รัชกาลที่ 4 เป็นต้นมา)

ในครั้งนั้นแต่ละคณะต่างปกครองโดยไม่ขึ้นแก่กัน สำหรับคณะอรัญวาสีนั้นไม่มีวัดขึ้นในปกครอง เพราะวัดอรัญวาสีที่อยู่ในฝ่ายเหนือฝ่ายใต้ก็รวมขึ้นอยู่ในปกครองของเจ้าคณะนั้น ๆ แต่ยังคงตำแหน่งเจ้าคณะใหญ่ฝ่ายอรัญวาสีไว้เพราะมีหน้าที่ต้องตามเสด็จพระเจ้าแผ่นดิน

มาในรัชกาลที่ 3 ทรงตั้งคณะกลางขึ้นเป็นคณะพิเศษขึ้นต่อกรมหมื่นนุชิตชิโนรส วัดพระเชตุพน ซึ่งต่อมาในรัชกาลที่ 4 ทรงพระกรุณาโปรดสถาปนาเป็น กรมสมเด็จพระปรมานุชิตชิโนรส ที่สมเด็จพระสังฆราชและสิ้นพระชนม์ในรัชกาลนั้น[1]

ถึงรัชกาลที่ 5 ทรงพระกรุณาโปรดสถาปนา พระพรหมมุนี (แพ) วัดสุทัศนเทพวราราม เป็นที่สมเด็จพระพุฒาจารย์ ดำรงตำแหน่งเจ้าคณะใหญ่คณะกลาง ตำแหน่งเจ้าคณะใหญ่คณะอรัญวาสี จึงเป็นอันยกเลิกไปตั้งแต่บัดนั้นเป็นต้นมา และสมเด็จพระราชาคณะที่สมเด็จพระพุฒาจารย์ ก็เป็นตำแหน่งเจ้าคณะใหญ่คณะกลางตั้งแต่บัดนั้นเป็นต้นมา[2]