เจ้าคณะใหญ่คณะธรรมยุต มีหน้าที่ดังนี้[5]

1. ดำเนินการปกครองคณะสงฆ์ธรรมยุตให้เป็นไปตามพระธรรมวินัย กฎหมาย กฎมหาเถรสมาคม ข้องบังคับ ระเบียบ คำสั่ง มติ ประกาศ พระบัญชาสมเด็จพระสังฆราช
2. ควบคุมและส่งเสริมการรักษาความเรียบร้อยดีงามการศาสนศึกษา การศึกษาสงเคราะห์ การเผยแผ่พระพุทธศาสนา การสาธารณูปการ และสาธารณสงเคราะห์ ให้ดำเนินไปด้วยดี
3. วินิจฉัยการลงนิคหกรรม วินิจฉัยข้ออุทธรณ์คำสั่ง หรือคำวินิจฉัยชั้นภาค หรือมีอำนาจหน้าที่ในกรณีที่ได้รับมอบหมายอย่างอื่นจากมหาเถรสมาคม
4. แก้ไขข้อขัดข้องของเจ้าคณะภาคให้เป็นไปโดยชอบ
5. ควบคุมบังคับบัญชาเจ้าคณะและเจ้าอาวาส ตลอดถึงพระภิกษุสามเณรผู้อยู่ในบังคับบัญชา หรืออยู่ในเขตปกครองของตน และชี้แจงแนะนำการปฏิบัติหน้าที่ของผู้อยู่ในบังคับบัญชาให้เป็นไปโดยความเรียบร้อย