เจ้าคณะใหญ่หนใต้ มีอำนาจหน้าที่การปกครองคณะสงฆ์จังหวัดต่างๆ ในเขตภาคการปกครองของตนตามพระราชบัญญัติคณะสงฆ์และกฎมหาเถรสมาคม ดังนี้

• ดำเนินการปกครองคณะสงฆ์ให้เป็นไปตามพระธรรมวินัย กฎหมาย กฎมหาเถรสมาคม ข้อบังคับ ระเบียบ คำสั่ง มติ ประกาศ พระบัญชาสมเด็จพระสังฆราช
• ควบคุมและส่งเสริมการรักษาความเรียบร้อยดีงาม การศาสนศึกษา การศึกษาสงเคราะห์ การเผยแผ่พระพุทธศาสนา การสาธารณูปการ และการสาธารณสงเคราะห์ ให้ดำเนินไปด้วยดี
• วินิจฉัยการลงนิคหกรรม วินิจฉัยข้ออุทธรณ์คำสั่ง หรือคำวินิจฉัยชั้นจังหวัด
• แก้ไขข้อขัดข้องของเจ้าคณะจังหวัดให้เป็นไปโดยชอบ
• ตรวจการและประชุมพระสังฆาธิการในเขตปกครอง ของตนเอง