คณะอนัมนิกายยุคแรกยังรวมอยู่กับคณะสงฆ์ดั้งเดิม เพิ่งได้รับอำนาจในการปกครองตนเองในรัชสมัยพระบาทสมเด็จพระจุลจอมเกล้าเจ้าอยู่หัวทรงมีพระราชดำริว่า เช่นเดียวกับพวกมอญ พระเจ้าแผ่นดินแต่ก่อน ได้ทรงพระกรุณาโปรดเกล้า ฯ ตั้งพระสงฆ์มอญให้มีสมณศักดิ์เหมือนอย่างพระสงฆ์ไทย จึงสมควรจะทรงตั้งพระสงฆ์ญวนให้มีสมณศักดิ์ขึ้นบ้าง และมีพระเถระดำรงตำแหน่งเจ้าคณะใหญ่อนัมนิกายสืบมาดั้งนี้