เจ้าคุณจอมมารดาสำลีถึงแก่พิราลัยในรัชกาลที่ 5 เมื่อวัน 21 มกราคม พ.ศ. 2443 เวลาเที่ยง ณ บ้านตำบลหน้าวัดชิโนรสารามวรวิหาร สิริอายุ 65 ปี เวลาหนึ่งทุ่มพระบาทสมเด็จพระจุลจอมเกล้าเจ้าอยู่หัว พระบรมวงศานุวงศ์ และข้าราชการผู้ใหญ่ ได้ร่วมรดน้ำศพ แล้วย้ายศพมาไว้ที่หอนิเพทพิทยา ในพระบรมมหาราชวัง ซึ่งขัดต่อพระราชประเพณีในการที่จะนำศพสามัญชนที่เสียชีวิต เข้ามายังพระบรมมหาราชวัง แต่พระบาทสมเด็จพระจุลจอมเกล้าเจ้าอยู่หัวทรงให้เหตุผลว่าเพื่ออำนวยความสะดวกแก่สมเด็จพระปิตุจฉาเจ้าฯ และสมเด็จเจ้าฟ้าฯ กรมหลวงศรีรัตนโกสินทร์ ในการบำเพ็ญกุศลศพ และยังทรงพระกรุณาฯ ให้ใช้คำว่า พิราลัย แก่เจ้าคุณจอมมารดาเป็นกรณีพิเศษ นอกจากนี้ยังได้รับพระราชทานโกศกุดั่นน้อยประกอบศพ[3] อีกด้วย

ได้รับพระราชทานเพลิงบุพโพเมื่อวันที่ 1 ธันวาคม ร.ศ. 120[4] และรับพระราชทานเพลิงศพ ณ เมรุผ้าขาวจตุรมุขยอดมณฑป ท้องสนามหลวง ได้รับพระราชทานโกศกุดั่นใหญ่ประกอบศพ เมื่อวันที่ 15 มกราคม ร.ศ. 120[5]