พระองค์ทรงเสกสมรสกับ เจ้าหญิงมาเรีย โบนาแห่งซาวอย-เจนัว ผู้เป็นพระญาติ เมื่อวันที่ 8 มกราคม 2424 ซึ่งงานเสกสมรสของพระองค์นั้น ถูกจัดขึ้นที่ ปราสาทปิเยมอนเต โดยมีผู้เข้าร่วมงานหลายพระองค์ อาทิ พระเจ้าวิตโตรีโอ เอมานูเอเลที่ 3 แห่งอิตาลี เจ้าชายอุมแบร์โต รัชทายาทแห่งอิตาลี และเจ้าชายเอมมานูเอล ฟิลิปแบร์โต ดยุกแห่งออสตา และพระสหายของพระชายา จำพวกสตรีชั้นสูงของหลายประเทศเข้าร่วม ซึ่งงานเสกสมรสของพระองค์และเจ้าหญิงมารีอา โบนา พระชายา เป็นการจัดงานเสกสมรสของพระราชวงศ์แห่งอิตาลีและเยอรมันขึ้นครั้งแรกหลังจากทั้ง 2 เป็นอริกันในสงครามโลก และยังเป็นการเชื่อมสัมพันธ์ที่ดีของทั้ง 2 ประเทศ ทั้ง 2 มีพระบุตร 2 พระองค์คือ

1. เจ้าหญิงอมาลี อิซาเบลลาแห่งบาวาเรีย
2. เจ้าชายยูจีนแห่งบาวาเรีย

หลังจากสงครามโลกครั้งที่สอง เจ้าชายค็อนราทถูกทหารจับไปที่เมืองฮินเทอร์ชไตน์ และทรงถูกนำตัวไปที่ลินเดา และทรงฝึกงานอยู่ในโรงแรมแห่งหนึ่งร่วมกับ เจ้าชายวิลเฮล์ม มกุฎราชกุมาร และอดีตนักการฑูตนามว่า ฮันส์ ฟอร์แมคเกอร์ พระชายาหรือที่ทรงรุ้จักในนามของ เจ้าหญิงค็อนราท พระชายา ทรงงานเรื่องพยาบาลทหาร กับพระญาติหลายพระองค์ แต่ไม่ถูกถูกอนุญาตให้เสด็จเข้ามาในประเทศเยอรมนี ได้ และสามารถกลับมารวมพระญาติอีกครั้งในปี 2517 ซึ่งขณะนั้น พระองค์มีอาชีพที่ดีขึ้น ก่อนจะสิ้นพระชนม์ลงเมื่อวันที่ 6 กันยายน 2512 สิริพระชันษา 85 ปี