เจ้าชายฮิซาฮิโตะแห่งอากิชิโนะ ประสูติเมื่อเวลา 8:27 นาฬิกา (เวลาสากลญี่ปุ่น) ของวันที่ 6 กันยายน พ.ศ. 2549 เป็นพระโอรสพระองค์เดียวในเจ้าชายฟูมิฮิโตะ อากิชิโนะโนะมิยะ กับเจ้าหญิงคิโกะ พระชายาฯ[1][2] โดยทรงคลอดก่อนกำหนดสองสัปดาห์ ทรงมีน้ำหนัก 2.556 กิโลกรัม (5 lb 10 oz) ขณะประสูติ เจ้าชายฮิซาฮิโตะเป็นทายาทในพระราชวงศ์ญี่ปุ่นเพียงพระองค์เดียวที่เป็นชาย นับตั้งแต่การประสูติของพระบิดาพระองค์เมื่อ 41 ปีก่อน พระองค์มีพระเชษฐภคินี 2 พระองค์คือ เจ้าหญิงคาโกะ เจ้าหญิงมาโกะ