ในรัฐสภาเดนมาร์ก วันที่ 8 ตุลาคม พ.ศ. 2546 สมเด็จพระราชินีนาถมาร์เกเธทรงมีพระบรมราชานุญาตการอภิเษกสมรสของมกุฎราชกุมารเฟรเดริคกับ นางสาวแมรี เอลิซาเบธ โดนัลด์สัน นักปรึกษาการตลาดชาวออสเตรเลีย ที่มกุฎราชกุมารทรงพบกับเธอครั้งแรกในงานโอลิมปิกฤดูร้อน 2000 ที่ซิดนีย์ ประเทศออสเตรเลีย การอภิเษกสมรสจัดขึ้นในวันที่ 14 พฤษภาคม พ.ศ. 2547 ณ มหาวิหารโคเปนเฮเกน กรุงโคเปนเฮเกน ประเทศเดนมาร์ก

ในวันที่ 25 เมษายน พ.ศ. 2548 สำนักพระราชวังเดนมาร์กได้ประกาศว่า มกุฎราชกุมารีแมรีทรงพระครรภ์ และทั้งสองพระองค์มีพระบุตรองค์แรกในวันที่ 15 ตุลาคม พ.ศ. 2548 โดยเป็นเป็นพระโอรส ตามธรรมเนียมของเดนมาร์กกษัตริย์ได้ประทานพระนามว่า เฟรเดริค หรือคริสเตียน พระโอรสได้รับการเป็นเจ้าฟ้าชายคริสเตียน วัลเดมาร์ อองรี จอห์น เมื่อวันที่ 21 มกราคม พ.ศ. 2549

ในวันที่ 26 ตุลาคม พ.ศ. 2549 สำนักพระราชวังได้ประกาศอีกว่ามกุฎราชกุมารีทรงพระครรภ์และเป็นพระบุตรองค์ที่สอง ในวันที่ 21 เมษายน พ.ศ. 2550 ทรงให้กำเนิดพระธิดาที่โรงพยาบาลมหาวิทยาลัยโคเปนเฮเกน ซึ่งเป็นเจ้าหญิงพระองค์แรกนับตั้งแต่ พ.ศ. 2489 พระธิดาทรงได้พระนามว่า เจ้าหญิงอิซาเบลลา เฮนเรียตตา อิงกริด มาร์เกรเธ เมื่อวันที่ 1 กรกฎาคม พ.ศ. 2550