เจ้าชายเอดูอาร์ด ดยุกแห่งอันฮัลท์ ทรงเสกสมรสกับ เจ้าหญิงลูอีสแห่งซัคเซิน-อัลเทนบูร์ก เมื่อวันที่ 6 กุมภาพันธ์ 2438 ก่อนจะหย่าร้างในปี 2461 พระชายารับพระราชทานพระอิสริยยศเพียง เจ้าหญิงเอดูอาร์ดแห่งอันฮัลท์ มืใช่ ดัชเชสแห่งอันฮัลท์ เนื่องจากทรงหย่าร้างไปเสียก่อน ทรงมีพระบุตรดังนี้

1. เจ้าหญิงฟรีเดอริก
2. เจ้าชายเลโอปอล์ด
3. เจ้าหญิงมารี ออกัสเตแห่งอันฮัลท์
4. เจ้าชายโจอาคิม แอนสท์ดยุกแห่งอันฮัลท์
5. เจ้าชายยูจีน
6. เจ้าชายโวล์ฟกัง