มีการรวบรวมประวัติสายสกุลเจ้าหลวงเมืองพะเยาไว้มีทั้งสิ้น 12 สกุล คือ

1. มหาวงศ์ ต้นสกุล คือ เจ้าหลวงมหาวงศ์ เจ้าผู้ครองนครพะเยา (ยุคฟื้นฟู) องค์ที่ 1
2. วิรัตน์เกษม ต้นสกุล คือ เจ้าราชบุตรแก้ววิราช บุตรเจ้าหลวงมหายศ (เจ้าผู้ครองนครพะเยา (ยุคฟื้นฟู) องค์ที่ 2)
3. จันทยศ ต้นสกุล คือ เจ้าราชบุตรจันทยศ บุตรเจ้าหลวงมหายศ (เจ้าผู้ครองนครพะเยา (ยุคฟื้นฟู) องค์ที่ 2)
4. ศีติสาร ต้นสกุล คือ เจ้าฟ้าญาร้อย (เจ้าน้อยศีธิวงศ์)
5. ศักดิ์สูง ต้นสกุล คือ เจ้าบุรีรัตน์เมืองพะเยา หรือเจ้าเมืองแก้ว
6. ไชยเมือง ต้นสกุล คือ เจ้าราชบุตรศรีสองเมือง หรือเจ้าน้อยใจเมือง
7. เถาวัลย์ ต้นสกุล คือ เจ้าพญาวังใน (เจ้าน้อยเถา)
8. สูงศักดิ์ ต้นสกุล คือ เจ้าน้อยธรรมลังกา
9. ศักดิ์ศรีดี ต้นสกุล คือ เจ้าหนานญาวิราช
10. สุยะราช ต้นสกุล คือ เจ้าราชสัมพันธวงศ์ หรือ เจ้าคำผาย
11. วงศ์สุวรรณ ต้นสกุลคือ เจ้าราชวงศ์สุยะ มีบุตรคือ เจ้าน้อยธิ วงศ์สุวรรณ สมรส กับเจ้าปั๋น วิรัตน์เกษม (ธิดาเจ้าพระญาแก้ว วิรัตน์เกษม) มีราชบุตร - ธิดา ทั้งสิ้น 5 องค์ เจ้าบัวจันทร์ เจ้าแสนกัน เจ้าน้อยแสง เจ้าศรีพรรณ เจ้าแสงหล้า
12. ณ ลำปาง (สายพะเยา) ต้นสกุลคือ เจ้าราชบุตรแก้วเมืองมูล ณ ลำปาง