เจ้าพระยาชำนาญภักดี (สมบุญ) เป็นบุตรชายคนที่ 2 เจ้าพระยาอภัยราชา (ชื่น) บุตรคนโตของเจ้าพระยาบวรราชนายก (เฉกอะหมัด) สมบุญ ได้ถวายตัวเป็นมหาดเล็กหลวง แล้วเลื่อนเป็นจมื่นจงภักดีองค์ขวา ต่อมาได้เป็นพระยาบำเรอภักดิ์ เมื่อเจ้าพระยาอภัยราชา (ชื่น) ถึงอสัญกรรม พระยาบำเรอภักดี (สมบุญ) ผู้บุตรมีอายุได้ 40 ปี สมเด็จพระนารายณ์โปรดเกล้าฯ เลื่อนบรรดาศักดิ์ให้เป็นเจ้าพระยาชำนาญภักดี ที่สมุหนายก อัครมหาเสนาบดีฝ่ายเหนือ[1]