เมื่อวันที่ 19 พฤษภาคม ค.ศ. 1896 อาร์คดยุคคาร์ล ลุดวิกสิ้นพระชนม์ด้วยโครไข้ไทฟอยด์ โดยก่อนที่จะสิ้นพระชนม์ พระองค์ทรงทูลขอพระชายาว่า ดูแลพระบุตรทั้งหมดให้ดี ทำให้ทุกองค์มีความสุขที่สุด ดังนั้น อาร์ชดัชเชสมาเรีย เทเรซ่าทรงต้องแบกพระภาระดูแลพระโอรส และพระธิดาทุกพระองค์ รวมทั้งพระบุตรที่ประสูติแต่เจ้าหญิงมาเรีย แอนนันซิเอต้าแห่งทู ซิชิลีส์ พระชายาองค์ก่อนด้วย ซึ่งพระองค์ก็ทรงดูแลเป็นอย่างดี แม้กระทั่งเมื่อมีการอภิเษกสมรสของอาร์คดยุคฟรานซ์ เฟอร์ดินานด์ และเค้านท์เตสโซฟี โชเท็ค ซึ่งถือเป็นการละเมิดกฎมณเฑียรบาลของการอภิเษกสมรสว่า จะต้องอภิเษกสมรสกับเชื้อพระวงศ์ด้วยกันเท่านั้น พระองค์ก็ทรงยอมให้มีการจัดอภิเษก โดยอาร์ชดัชเชสโซฟี ผู้เป็นพระสหายสนิทก็ทรงร่วมจัดพิธีด้วย[3]