พระองค์ทรงเสกสมรสครั้งแรกกับ เจ้าชายเฮนรีแห่งเนเธอร์แลนด์ (ค.ศ. 1820–1879) เมื่อวันที่ 9 พฤษภาคม 2421 พระชายารับพระราชทานพระอิสริยยศเป็น เฮอร์รอยัลไฮนีส เจ้าหญิงเฮนรีแห่งเนเธอร์แลนด์ พระชายา แต่ไม่มีพระบุตรร่วมกัน หลังจากนั้นพระสวามีก็สิ้นพระชนม์ลงด้วยพระโรคหัด หลังจากนั้นอีก 6 ปีถัดมา พระองค์ทรงเสกสมรสใหม่กับ เจ้าชายอัลเบิร์ตซัคเซิน-อัลเทินบวร์ค เมื่อวันที่ 6 พฤษภาคม 2428 รับพระราชทานพระอิสริยยศ เจ้าหญิงอัลเบิร์ตแห่งซัคเซิน-อัลเทินบวร์ค พระชายา มีพระธิดา 2 พระองค์คือ

1. โอลกา เอลิซาเบธ เคาน์เตสแห่งพูกเลอร์-เบอร์อาฮัท
2. มารี เจ้าหญิงรีอุสส์แห่งกอสทริดซ์

เจ้าหญิงมารีแห่งปรัสเซีย (ค.ศ. 1855-1888) สิ้นพระชนม์ลงเมื่อวันที่ 20 มิถุนายน 2431 สิริพระชันษา 32 ปี อันเป็นผลมาจากการมีพระประสูติกาลพระธิดาพระองค์เล็กและทรงป่วยโรคไข้หลังคลอด แต่พระธิดาพระองค์เล็ก ทรงปลอดภัยดี

• อนึ่ง พระองค์ทรงเป็นพระมารดาทูลหัวให้กับ เจ้าชายอาร์เธอร์แห่งคอนน็อต พระภาคิไนย ซึ่งเป็นพระโอรสใน เจ้าหญิงลูอีส มาร์กาเร็ตแห่งปรัสเซีย พระขนิษฐา