เจ้าหญิงมาร์กาเรตประสูติวันที่ 21 สิงหาคม พ.ศ. 2473 ณ ปราสาทกลามีส (Glamis Castle) ประเทศสกอตแลนด์ พระองค์ทรงเป็นรัชทายาทแห่งราชบัลลังก์อังกฤษพระองค์แรกที่ประสูติที่สกอตแลนด์ นับแต่ 300 ปีที่แล้ว พระบิดาและพระมารดาของพระองค์คือ เจ้าฟ้าดยุคและดัชเชสแห่งยอร์ก (Their Royal Highness The Duke and Duchess of York) ในฐานะพระราชนัดดาของพระมหากษัตริย์ผ่านทางสายพระราชโอรส ทรงดำรงพระอิสริยยศเจ้าหญิงมาร์กาเรต แห่งยอร์ก มาตั้งแต่แรกเริ่มประสูติ พระองค์ทรงรับศีลล้างบาปที่พระราชวังบักกิงแฮม พ่อและแม่ทูนหัวของพระองค์คือ สมเด็จพระเจ้าเอ็ดเวิร์ดที่ 8 อิงกริดแห่งสวีเดน สมเด็จพระราชินีแห่งเดนมาร์ก เจ้าหญิงวิกตอเรียแห่งสหราชอาณาจักร เลดีโรส เลเวนซัน-โกเวอร์ และฮอนเนอเรเบิ้ลเดวิด โบวส์-ลีออน (พระราชอนุชาในสมเด็จพระราชินีเอลิซาเบธ พระราชชนนี)

เจ้าหญิงมาร์กาเรตมีพี่พระเชษฐภคินี 1 พระองค์คือ

1.สมเด็จพระราชินีนาถเอลิซาเบธที่ 2 แห่งสหราชอาณาจักร

เจ้าหญิงมาร์กาเรตได้รับการศึกษาพร้อม ๆ กับพระเชษฐภคินี โดยมารีออน ครอว์ฟอร์ด (Marion Crawford) ในปี พ.ศ. 2479 สมเด็จพระเจ้าเอ็ดเวิร์ดที่ 8 พระราชปิตุลา (ลุง) ของพระองค์สละราชสมบัติ พระราชบิดาเสด็จขึ้นครองราชย์เป็นสมเด็จพระเจ้าจอร์จที่ 6 เจ้าหญิงมาร์กาเรตได้รับการเฉลิมพระอิสริยยศเลื่อนเป็นเจ้าฟ้า พระองค์ได้โดยเสด็จไปในพระราชพิธีราชาภิเษกของพระชนกและพระชนนีในปี พ.ศ. 2480

ระหว่างสงครามโลกครั้งที่ 2 มาร์กาเรตประทับอยู่ที่พระราชวังวินด์เซอร์ นอกกรุงลอนดอน ต่อมาในปี พ.ศ. 2495 พระราชบิดาของพระองค์เสด็จสวรรคต พระเชษฐภคินีของพระองค์เสด็จขึ้นครองราชย์เป็นสมเด็จพระราชินีนาถเอลิซาเบธที่ 2