เจ้าหญิงอิซาเบลลา ประสูติเมื่อวันที่ 21 เมษายน พ.ศ. 2550 ณ โรงพยาบาลมหาวิทยาลัยโคเปนเฮเกน กรุงโคเปนเฮเกน ประเทศเดนมาร์ก เมื่อเวลา 16.02 นาฬิกา เป็นพระบุตรองค์ที่สอง และเป็นพระธิดาองค์แรกในเจ้าชายเฟรเดอริก มกุฎราชกุมารแห่งเดนมาร์ก กับเจ้าหญิงแมรี มกุฎราชกุมารีแห่งเดนมาร์ก เมื่อแรกประสูติทรงมีน้ำหนัก 3.35 กิโลกรัม (7.4 ปอนด์) มีความยาวของพระวรกาย 50 เซนติเมตร (19.6 นิ้ว)[3] ต่อมาในช่วงเที่ยงของวันที่ 22 เมษายน ได้มีการยิงสลุตสดุดีที่ฐานทัพเรือโคเปนเฮเกน และปราสาทครอนบอร์กที่ซีแลนด์เหนือ

ทรงมีพ่อทูนหัวและแม่ทูนหัวคือ สมเด็จพระราชินีมาตีลด์แห่งเบลเยียม, เจ้าหญิงอเล็กเซียแห่งกรีซและเดนมาร์ก, นาดีน จอห์นสัน, คริสเตียน บุชวัลด์, ปีเตอร์ เฮียร์ริง และมารี หลุยส์ สคีล[4]

วันที่ 1 กรกฎาคม พ.ศ. 2550 ได้มีพระราชพิธีบัพติศมา ณ โบสถ์น้อยภายในพระราชวังเฟรเดินบอร์ก[5][6] พระองค์สวมฉลองพระองค์เดียวกับพระเชษฐาที่เคยทำพิธีดังกล่าวเมื่อปีที่แล้ว และการสวมฉลองพระองค์ดังกล่าวเป็นพระราชประเพณีของราชวงศ์กลึคสบวร์กสายหลักปฏิบัติมาตั้งแต่ในรัชกาลของสมเด็จพระราชาธิบดีคริสเตียนที่ 10 แห่งเดนมาร์ก ซึ่งพระนามของพระองค์ที่ได้รับการขนานพระนามคือ อิซาเบลลา เฮนเรียตตา อิงกริด มาร์เกรเธอ

เจ้าหญิงพร้อมด้วยพระชนกและพระชนนี ได้เสด็จไปยังนิวยอร์ก เพื่อสนับสนุนและส่งเสริมเดนมาร์กในนิทรรศการ "Creative Nation" เมื่อวันที่ 17-21 กันยายน พ.ศ. 2550 จากการริเริ่มของโฆษกหญิง ลิส เฟรเดอริกเซน เพราะมกุฎราชกุมารีทรงเลี้ยงพระบุตรด้วยน้ำนมของพระองค์เอง[7]

วันที่ 20 ธันวาคมปีเดียวกันนั้นเอง สติก เมอลเลอร์ รัฐมนตรีว่าการกระทรวงการต่างประเทศของเดนมาร์ก ได้ลงนามและลงลายมือชื่อลงในเอกสารอย่างเป็นทางการในการเพิ่มพระนามของเจ้าหญิงอิซาเบลลา เป็นรัชทายาทในการสืบราชบัลลังก์ ซึ่งรวมไปถึงข้อมูลปลีกย่อยต่างๆ ได้ถูกบันทึกตามกฎมนเทียรบาล ปี พ.ศ. 2342[8]