เจ้าหญิงเบอาทริสแห่งบูร์บง-ซิซิลีทั้งสอง ทรงเสกสมรสกับ ชาร์ล เจ้าชายนโปเลียน ผู้อ้างสิทธิราชบัลลังก์ของฝรั่งเศสทางสายราชวงศ์โบนาปาร์ต โดยรับพระราชทานพระอิสริยยศเป็น เจ้าหญิงเบอาทริส เจ้าหญิงนโปเลียน พระชายา ก่อนจะหย่ากันในปี 2532 โดยมีพระบุตรดังนี้

1. เจ้าหญิงการอลีน นโปเลียน
2. ฌ็อง-คริสต็อฟ เจ้าชายนโปเลียน

หลังจากทรงหย่าแล้ว ทรงกลับมาใช้พระอิสริยยศ เจ้าหญิงแห่งบูร์บง-ซิซิลีทั้งสอง ดังเดิม