เจ้าหญิงเบียทริซประสูติเมื่อวันที่ 22 มิถุนายน พ.ศ. 2452 ณ พระราชวังลากรันยา เมืองซานอิลเดฟอนโซ โดยเป็นพระราชธิดาพระองค์โตในพระเจ้าอัลฟอนโซที่ 13 แห่งสเปน พระราชโอรสของพระเจ้าอัลฟอนโซที่ 12 แห่งสเปน และ สมเด็จพระราชินีมาเรีย คริสตินาแห่งสเปน กับ สมเด็จพระราชินีวิกตอเรีย ยูจีนีแห่งสเปน พระธิดาองค์เดียวในเจ้าชายเฮนรีแห่งแบ็ตเต็นเบิร์ก และ เจ้าหญิงเบียทริซแห่งสหราชอาณาจักร พระราชธิดาองค์เล็กของสมเด็จพระราชินีนาถวิกตอเรีย และเจ้าชายอัลเบิร์ตแห่งแซ็กซ์-โคบูร์กและก็อตธา

เมื่อวันที่ 14 เมษายน พ.ศ. 2474 ขณะที่เจ้าหญิงมีพระชนมายุ 11 พรรษา สมเด็จพระราชาธิบดีแห่งสเปนเสด็จออกจากประเทศสเปนต่อหน้าการเดินขบวนประท้วงของพวกลัทธิสาธารณรัฐนิยม พระองค์เสด็จไปเพียงลำพังโดยทิ้งพระมเหสีกับพระโอรสและธิดาไว้ แม้ว่าจะไม่ทรงสละราชสมบัติจนกระทั่งถึงเดือนมกราคม พ.ศ. 2484 พระองค์ประทับลี้ภัยอยู่ในต่างประเทศโดยทรงมองดูประเทศสเปนที่เต็มไปด้วยการนองเลือด ความรุนแรง และความเป็นอนาธิปไตยภายใต้รัฐบาลสาธารณรัฐใหม่ อันนำไปสู่สงครามกลางเมืองของสเปนในอีกไม่กี่ปีต่อมา

เจ้าหญิงเบียทริซประทับอยู่ในพระราชวังหลวงกับพระชนนีและพระเชษฐา พระอนุชาและพระขนิษฐา ทุกพระองค์ทรงอยู่ในประเทศสเปนในระยะสุดท้ายที่พระราชวังถูกปิดล้อมด้วยกลุ่มคนนิยมสาธารณรัฐ สมเด็จพระราชินีเอนาทรงสงสัยว่าครอบครัวของพระองค์ต้องทนทุกข์ทรมานในชะตากรรมเดียวกับพระญาติในราชวงศ์รัสเซียหรือไม่ แต่สุดท้ายทุกพระองค์สามารถเสด็จออกจากพระราชวังไปทางประตูลับในอุทยาน มุ่งหน้าไปยังสถานีรถไฟเอสกอเรียล และประทับรถไฟข้ามชายแดนไปยังประเทศฝรั่งเศส