หลังจากทรงอภิเษกสมรสแล้ว พระองค์ทรงอิทธิพลต่อราชสำนักเพิ่มมากขึ้น โดยทรงคิดที่จะให้พระโอรสองค์โตของพระองค์ อาร์ชดยุกฟรานซ์ โจเซฟได้ขึ้นครองราชย์เป็นสมเด็จพระจักรพรรดิแห่งออสเตรีย เป็นเหตุให้นำไปสู่ปัญหาการเมืองในออสเตรียเลยทีเดียว โดยในระหว่างที่มีการก่อปฏิวัติเมื่อปีพ.ศ. 2391 พระองค์ทรงทูลเกลี้ยกล่อมให้พระสวามีทรงไปเกลี้ยกล่อมให้สมเด็จพระจักรพรรดิเฟอร์ดินานด์ พระเชษฐาสละราชสมบัติให้กับพระองค์ โดยพระองค์ก็จะทรงมอบราชสมบัติอีกต่อให้กับพระโอรสองค์โตของพระองค์ ทำให้พระโอรสของพระองค์ทรงขึ้นเถลิงวัลย์ครองราชย์สมบัติเป็นสมเด็จพระจักรพรรดิแห่งออสเตรียในเวลาต่อมา

ภายหลังที่พระโอรสองค์โตทรงขึ้นครองราชย์แล้ว พระองค์จึงทรงมีอำนาจอยู่เบื้องหลังราชบัลลังก์ โดยพระองค์ทรงจัดหาเจ้าสาวที่จะทรงมาเป็นสมเด็จพระจักรพรรดินีแห่งออสเตรีย โดยพระองค์ทรงให้ดัชเชสเฮเลนแห่งบาวาเรีย ซึ่งเป็นพระธิดาในเจ้าหญิงลูโดวิกา พระขนิษฐาแท้ ๆ ของพระองค์ แต่สมเด็จพระจักรพรรดิทรงปฏิเสธที่จะอภิเษกสมรสกับดัชเชสลูโดวิกา โดยพระองค์จะทรงอภิเษกสมรสกับดัชเชสเอลิซาเบธ พระขนิษฐาในดัชเชสเฮเลน และพระธิดาองค์เล็กในเจ้าหญิงลูโดวิกา ทำให้อาร์ชดัชเชสโซฟีทรงกริ้วเป็นอย่างมาก แต่ก็ทรงยอมให้มีการจัดพระราชพิธีอภิเษกสมรสระหว่างสมเด็จพระจักรพรรดิฟรานซ์ โจเซฟกับดัชเชสเอลิซาเบธ พอหลังอภิเษกสมรส ดัชเชสเอลิซาเบธทรงได้รับการสถาปนาเป็นสมเด็จพระจักรพรรดินีแห่งออสเตรีย

อาร์ชดัชเชสโซฟีทรงไม่ชอบสมเด็จพระจักรพรรดินีเอลิซาเบธเป็นอย่างยิ่ง เพราะทรงเห็นว่าไม่เหมาะสมที่จะเป็นจักรพรรดินีมเหสี แทนที่จะทรงเป็นดัชเชสเฮเลน พระเชษฐภคินี โดยทรงดูถูกและทรงกล่าวว่าร้ายสมเด็จพระจักรพรรดินีเอลิซาเบธตลอดเวลา และจะทรงกีดกันพระองค์ทุกวิถีทาง เพื่อลดความสำคัญของพระสุณิสาของพระองค์ แต่ว่า ด้วยเหตุนี้ สมเด็จพระจักรพรรดิฟรานซ์ โจเซฟ ทรงกริ้วพระองค์อย่างมาก ที่ทรงกลั่นแกล้ง ให้ร้ายพระมเหสีของพระองค์มาโดยตลอด เมื่อพระองค์ทรงทราบที่พระโอรสทรงกริ้วพระองคมาก ถึงกับเสียพระทัย ซึ่งจากนั้น พระองค์ก็ไม่ทรงเข้าไปยุ่มย่ามอะไรกับสมเด็จพระจักรพรรดินีและพระราชบุตรอีกเลย