เฉลิม นาคีรักษ์ ได้รับการศึกษาจนจบระดับมัธยมศึกษาที่โรงเรียนในจังหวัดบ้านเกิด ด้วยความที่เป็นผู้ที่มีความสนใจในทางศิลปะเป็นพิเศษมาตั้งแต่เด็ก ๆ จึงตัดสินใจเดินทางเข้ากรุงเทพเพื่อเข้าเรียนวิชาศิลปะที่โรงเรียนเพาะช่างเมื่อ พ.ศ. 2477 ได้ศึกษาอยู่เป็นเวลา 4 ปี จนสำเร็จจึงได้เข้าศึกษาต่อวิชาครูประถมที่โรงเรียนฝึกหัดครูประถมพระนครอีก 1 ปี จากนั้นก็ได้ไปเข้ารับการอบรมวิชาทฤษฎีศิลปะกับศาสตราจารย์ศิลป์ พีระศรี ที่มหาวิทยาลัยศิลปากร อีก 6 เดือน ก่อนที่จะเข้ารับราชการในตำแหน่งครูจัตวา สอนศิลปะที่โรงเรียนเพาะช่างเมื่อ พ.ศ. 2483 ในระหว่างที่รับราชการ ท่านยังได้เคยมีโอกาสเดินทางไปดูงานด้านศิลปะที่ประเทศญี่ปุ่นอีกด้วย ทำให้ท่านได้สั่งสมประสบการณ์อันเป็นประโยชน์แก่การนำกลับมาถ่ายทอดแก่ลูกศิษย์ลูกหาในเวลาต่อมา ท่านได้ทุ่มเทสติปัญญาความสามารถถ่ายทอดความรู้แก่ศิษย์อย่างเต็มที่ ทั้งยังได้ปฏิบัติงานศิลปะควบคู่กันไปโดยตลอด