ร้อยตำรวจเอก เฉลิม อยู่บำรุง กลับมาเป็นข่าวคราวอีกครั้ง เมื่อลูกชายทั้ง 3 คน คือ ร้อยตำรวจตรีอาจหาญ อยู่บำรุง ร้อยตำรวจตรีวัน อยู่บำรุง และว่าที่ พันตำรวจโทดวง อยู่บำรุง ตกเป็นข่าวผ่านสื่อมวลชนเป็นระยะ ว่ามีพฤติกรรมก้าวร้าว ก่อเหตุวิวาททำร้ายร่างกายหลายครั้ง

โดยเฉพาะอย่างยิ่งคดีที่ นายดวงเฉลิม ลูกคนเล็กตกเป็นผู้ต้องหาสังหาร ดาบตำรวจ สุวิชัย รอดวิมุติ หรือที่รู้จักกันในชื่อ "ดาบยิ้ม" ในผับกลางโรมแรม ย่านถนนรัชดาภิเษก เมื่อปลายปี พ.ศ. 2544[ต้องการอ้างอิง] โดยหลบหนีไปหลังเกิดเหตุ และมอบตัวหลังจากนั้นกว่าครึ่งปีเขาถูกถอดยศทหารในวันที่ 16 พฤศจิกายน พ.ศ. 2544 ภายหลังจากนั้นนายสมัคร สุนทรเวช ได้คืนยศทางทหารให้

ต่อมาคดีนายดวงเฉลิม มีคำตัดสินของศาลอาญาชั้นต้นให้ยกฟ้อง เนื่องจากพยานหลักฐานไม่สามารถชี้ชัดได้ว่า นายดวงเฉลิมเป็นผู้สังหารดาบยิ้ม ศาลอาญาชั้นต้นจึงมีคำพิพากษายกฟ้อง และจนถึงปัจจุบันก็ยังไม่สามารถสรุปได้ว่าผู้สังหารดาบยิ้มเป็นใคร

ในปลายปีพ.ศ. 2554 สื่อมวลชนรายงานว่านายวัน อยู่บำรุงได้แสดงเจตนาข่มขู่อาฆาตมาดร้ายนายวัชระ เพชรทองระหว่างที่กำลังลงพื้นที่ช่วยเหลือประชาชนจากเหตุการณ์อุทกภัยในประเทศไทย พ.ศ. 2554[18]