ในปัจจุบันเซลล์เชื้อเพลิงยังมีราคาสูงมากเมื่อเปรียบเทียบกับเครื่องยนต์เผาไหม้ภายใน ซึ่งค่าใช้จ่ายที่สูงมากนี้มักมีสาเหตุมาจากตัวเร่งปฏิกิริยาแพลทินัม ซึ่งเร็วนี้ก็ได้มีการใช้แผ่นกั้นเซลล์ซึ่งทำหน้าที่เป็นสองขั้ว (bipolar plate) ได้ในแผ่นเดียวทำให้ราคาถูกลงมาได้ในระดับหนึ่ง อย่างไรก็ตามมันยังต้องการเครื่องจักรที่แม่นยำหรือฝีมือการประกอบที่ดี เนื่องจากความต้องการยังมีน้อยทำให้การประกอบเซลล์เชื้อเพลิงส่วนใหญ่ยังต้องใช้แรงงานคน อย่างไรก็ตามมีคนเชื่อว่าความต้องการเซลล์เชื้อเพลิงจะเพิ่มขึ้นและราคาจะถูกลงอย่างมากเนื่องจากการผลิตในปริมาณมากในปี 2002 เซลล์โดยทั่วไปใช้ตัวเร่งปฏิกิริยาที่มีราคาสูงถึง 1000 ดอลลาร์ต่อกิโลวัตต์ ซึ่งคาดหมายว่าในปี 2007ราคาจะตกลงมาอยู่ที่เพียง 30 ดอลลาร์ต่อกิโลวัตต์ นอกจากนี้ยังเป็นที่กังวลว่าปริมาณแพลทินัมที่มีอยู่ในปัจจุบันไม่พอเพียง (ความจริงแล้วมีเพียงหนึ่งในสี่) ที่จะเปลี่ยนยานพาหนะทั้งหมดมาเป็นเซลล์เชื้อเพลิง ดังนั้นการพัฒนาเซลล์เชื้อเพลิงในระดับใหญ่จะถูกจำกัดได้ด้วยราคาแพลทินัมที่ถีบตัวสูงขึ้นอย่างรวดเร็วGeneral Motors เชื่อว่ารถที่ใช้เซลล์เชื้อเพลิงจะออกสู่ตลาดในราคาที่เข้าถึงได้ในปลายทศวรรษนี้ บริษัทอื่นก็กำลังเร่งศึกษาค้นคว้าเพื่อให้เซลล์เชื้อเพลิงสามารถประยุกต์ใช้ได้จริง Ballard Power System ผู้บุกเบิกรายหนึ่งของเทคโนโลยีนี้ยินดีที่จะผลิตเซลล์เชื้อเพลิงให้กับผู้ผลิตรถยนต์รายใหญ่ อาทิเช่น

Toyota[4] Ford Volvo Mazda General Motors และ Honda ความสำเร็จของ Ballard ในปัจจุบันคือการลดต้นทุนการผลิต โดยใช้แพลทินัมน้อยลงเหลือเพียงหนึ่งในสิบของระบบเก่า