ฟาเบรกัสเกิดที่เมืองอาเรญส์ดามาร์ แคว้นกาตาลุญญา ประเทศสเปน[3][4] เป็นบุตรชายของฟรันเซสก์ ฟาเบรกัส ซีเนียร์ ที่เปิดบริษัทอสังหาริมทรัพย์ และนูรีอา ซูเลร์ เจ้าของบริษัทขนมอบ ฟาเบรกัสได้ร่วมกับสโมสรฟุตบอลบาร์เซโลนาตั้งแต่ยังเด็ก และลงแข่งขันนัดแรกเมื่อเขาอายุเพียง 9 เดือนกับปู่ของเขา[5] เขาเริ่มอาชีพกับสโมสรฟุตบอลกับสโมสรกีฬามาตาโร ก่อนที่จะเซ็นสัญญากับสโมสรเยาวชนลาซีอาของบาร์เซโลนา เมื่อเขาอายุได้ 10 ปี โดยมีโค้ชคนแรกคือ เซนอร์ ไบย์ โดยมีรายงานว่าเขาไม่เลือกฟาเบรกัสลงแข่งขันกับสโมสรฟุตบอลบาร์เซโลนา เพื่อพยายามซ้อนเขาจากผู้สอดแนม[6] แต่ก็ทำได้ไม่ได้นานกับบาร์เซโลนา มาตาโรให้เขาร่วมฝึกกับทีมบาร์เซโลนา 1 วันต่อสัปดาห์ จนในที่สุดฟาเบรกัสก็ร่วมกับสถาบันบาร์เซโลนาเต็มเวลา

ในการฝึกเบื้องต้นเขารับตำแหน่งเป็นกองกลางรับ แต่เขาก็ยังเป็นตัวทำประตูได้มาก จนบางครั้งทำได้มากกว่า 30 ประตูใน 1 ฤดูกาลให้กับสโมสรเยาวชน ถึงอย่างไรก็ตามเขาก็ไม่ได้ร่วมแข่งกับทีมนัดแรกที่สนามกีฬากัมนอว[7] ในช่วงเวลาที่เขาเล่นให้กับทีมเยาวชนบาร์เซโลนา เฟเบรกัสได้สร้างความประทับใจกับจูเซป กวาร์ดีโอลา ที่ต่อมาเป็นกัปตันทีมบาร์เซโลนา เขาได้มอบเสื้อให้กับฟาเบรกัสเป็นเครื่องปลอบขวัญหลังจากที่พ่อแม่ของเขาหย่ากัน[8]