รุ่นต้นแบบของเซเวอร์กันดั้มซึ่งปรากฏตัวในฐานะโมบิลสูทตัวร้ายของนิยายภาพและมังงะ โมบิลสูทกันดั้มซี้ด เดสทินีแอสเทรย์ โปรโตเซเวอร์มีลักษณะคล้ายกับเซเวอร์กันดั้มและมีคุณสมบัติเหมือนกันทุกประการ แต่มีโทนสีเทาดำคาดแถบสีขาวและลักษณะของแอมฟอร์ทัสจะต่างกันเล็กน้อย ซึ่งในเดสทินีแอสเทรย์นั้น โปรโตเซเวอร์อยู่ในการครอบครองของกลุ่มพันธมิตรโลกและได้รหัสใหม่เป็น RGX-04 กลุ่มพันธมิตรโลกได้มอบโปรโตเซเวอร์ให้ทหารรับจ้าง อิลด์ จอรัลใช้เพื่อสังหารนักข่าวเบอนาเดท ลูลู่ และอดีตนักบินของพันธมิตร เอ็ดเวิร์ด ฮาเรลสัน ระหว่างที่ซาฟท์มอบตัวทั้งสองให้กับพันธมิตร แต่ถูกซาคุแฟนธอมของรีกะ เชเดอร์และโมบิลอาเมอร์ เอ็กซัส ของมอร์แกน ชิววาเลียร์ซึ่งมีหน้าที่คุ้มกันขัดขวางไว้ได้

ต่อมาโปรโตเซเวอร์ได้รับการเพิ่มพลังด้วยแบ็คแพ็ค พลัส11 ซึ่งดัดแปลงมาจากแบ็คแพ็คของรีเจเนเรตกันดั้ม พลัส11นี้มีเตาปฏิกรณ์นิวเคลียร์และนิวตรอนแจมเมอร์แคนเซลเลอร์ จึงทำให้โปรโตเซเวอร์ปฏิบัติการได้โดยไม่จำกัดเวลาและยังทำให้อาวุธมีอานุภาพสูงขึ้นด้วย