ความสัมพันธ์ระหว่างญี่ปุ่นและยุโรปเริ่มต้นขึ้นเมื่อกลุ่มพ่อค้าชาวโปรตุเกสเดินทางมาค้าขายที่ทาเนงาชิมะในปี 1543 หกปีต่อมามิชชันนารีนิกายเยสุอิตฟรานซิสซาเวียร์ก็เดินทางได้มาที่เมืองคาเงชิมะ ในตอนแรกชาวโปรตุเกสได้ตั้งหลักอยู่ที่เมืองฮิราโดะ แต่พวกเขาต้องการท่าเรือที่ดีกว่า ทำให้ในปี 1570 ไดเมียวโอมูระ ซูมิตากะ ได้เปลี่ยนไปนับถือศาสนาคริสต์ และได้ทำข้อตกลงให้ชาวโปรตุเกสช่วยพัฒนาเมืองนางาซากิ ทำให้ท่าเรือสามารถเปิดทำการค้าขายได้ ต่อมาในปี 1580 ไดเมียวโอมูระ ซูมิตากะ ได้มอบอำนาจศาลของนางาซากิให้กับนิกายเยสุอิต และชาวโปรตุเกสได้รับเอกสิทธิ์ที่จะทำการค้าไหมกับจีนผ่านมาเก๊า

ในปี 1634 โชกุนโทกูงาวะ อิเอมิตสึมีคำสั่งให้สร้างเกาะเทียมขึ้นเพื่ออำนวยความสะดวกให้กับพ่อค้าชาวโปรตุเกสที่อาศัยอยู่ในนางาซากิ และขัดขวางการเผยแพร่ศาสนาคริสต์ของพวกเขา แต่หลังจากการจลาจลของประชากรส่วนใหญ่ที่นับถือศาสนาคริสต์ในชิมาบาระและอามากูซะ โชกุนตัดสินใจที่จะขับไล่ชาติตะวันตกทุกชาติออกไป ยกเว้นชาวดัตช์ที่ทำงานในบริษัทอินเดียตะวันออกของเนเธอร์แลนด์

ตั้งแต่ปี 1609 ชาวดัตช์ก็ได้ทำการค้าในฮิราโดะ พวกเขาได้รับอนุญาตให้ทำการค้าขายอย่างอิสระ อย่างเต็มที่ ร้านค้าในฮิราโดะกินพื้นที่ไปอย่างกว้างใหญ่ไพศาล จนเมื่อปี 1637 และ 1639 ก็ได้มีการสร้างคลังสินค้าหินขึ้นมาในร้านค้านี้อีก และการที่พวกเขาใช้หินในการก่อสร้างคลังสินค้านี้ ก็ถูกนำมาใช้เป็นข้ออ้างในการทำลายสิ่งก่อสร้างในฮิราโดะและย้ายร้านค้าไปยังเมืองนางาซากิ

ในปี 1639 ชาวโปรตุเกสกลุ่มสุดท้ายก็ถูกขับไล่ออกจากญี่ปุ่นไป แต่นั้นก็ทำให้เดจิมะเริ่มที่จะล้มเหลวในการลงทุน และเมื่อไม่มีเรือโปรตุเกสที่ทำการค้าจากมาเก๊า เศรษฐกิจของนางาซากิได้รับความเดือดร้อนอย่างมาก ถึงพวกเขาก็ยังสามารถอดทนได้ แต่ด้วยนโยบายอีกมากมายและยังเป็นศัตรูกับสเปนและโปรตุเกส ซึ่งทั้งสองประเทศก็ที่มีทั้งศาสนาและพื้นฐานทางการเมืองที่ต่างจากญี่ปุ่นมาก ชาวดัตช์เป็นคนกลุ่มเดียวที่ได้รับการยกเว้นจากการถูกขับไล่ แต่พวกเขาก็ถูกรัฐบาลญี่ปุ่นย้ายให้ไปอยู่ที่เดจิมะ

ตั้งแต่ปี 1641 มีเพียงเรือจีนและเรือดัตช์เท่านั้นที่ได้รับอนุญาตให้เข้ามาในญี่ปุ่นและมีทางเข้าเพียงทางเดียวคือท่าเรือนางาซากิ