ในภาคหกมัลฟอยได้รับคำสั่งจากโวลเดอมอร์ให้ฆ่าดัมเบิลดอร์ เขาใช้ห้องต้องประสงค์เก็บตู้อันตธานเพื่อให้ผู้เสพความตายบุกฮอกวอตส์ในวันที่ดัมเบิลดอร์ไม่อยู่ เขาพยายามฆ่าดัมเบิลดอร์ถึงสองครั้งแต่ก็พลาดทุกครั้ง จนในวันที่ดัมเบิลดอร์พาแฮร์รี่ไปตามหาฮอร์ครักซ์ มัลฟอยใช้โอกาสนั้นเรียกผู้เสพความตายเข้ามาฮอกวอตส์ผ่านตู้อันตธานและไปฆ่าอาจารย์ใหญ่ที่หอดูดาวแต่เขาใจไม่แข็งพอที่จะทำจนสเนปต้องฆ่าดัมเบิลดอร์แทนในที่สุด จากนั้นเกิดสงครามขึ้นที่ฮอกวอตส์ มัลฟอยและพวกหนีไปได้