เตาอบไมโครเวฟ นั้นไม่ได้แปลงพลังงานไฟฟ้าทั้งหมดเป็นคลื่นไมโครเวฟ เตาอบไมโครเวฟที่พบเห็นตามบ้านทั่วไปอาจจะกินไฟ 1100 วัตต์ แต่ให้คลื่นไมโครเวฟที่มีกำลังงานเพียง 700 วัตต์ ส่วนอีก 400 วัตต์ที่เหลือนั้นจะสูญเสียไปกับอุปกรณ์ภายในเครื่องในรูปของความร้อน จุดที่มีการสูญเสียมากคือ ในท่อแมกนีตรอน ซึ่งมีประสิทธิภาพต่ำกว่า 100% มาก ในการแปลงพลังงานไฟฟ้าเป็นคลื่นไมโครเวฟ ส่วนอื่นที่มีการสูญเสียแต่ไม่มากนักคือ หลอดไฟให้แสงสว่าง หม้อแปลงไฟฟ้า พัดลมให้ความเย็นแกแมกนีตรอน มอเตอร์หมุนจานรองอบ และวงจรควบคุม ความร้อนที่สูญเสียนี้ไม่ได้ส่งผ่านให้กับอาหารที่อบ แต่จะถูกถ่ายเทออกมาทางช่องระบายความร้อนสู่ภายนอก ดู ประสิทธิภาพทางไฟฟ้า (Eletrical efficiency)

พลังงานของคลื่นไมโครเวฟที่ถูกสร้างขึ้น จะสูญเสียไปในรูปความร้อนในอาหารที่อยุ่ในช่องอบอาหาร ถ้าหากปริมาณอาหารสำหรับดูดซับคลื่นในช่องอบอาหารนั้นมีน้อย คลื่นไมโครเวฟจะถูกสะท้อนกลับสู่แมกนีตรอน และกลายเป็นความร้อนในอุปกรณ์ส่วนประกอบของแมกนีตรอน ซึ่งทำให้เตาไมโครเวฟนั้นร้อน และอาจเสียหายได้