เต้าหู้ก้อนแรกเกิดขึ้นในประเทศจีน เล่าขานกันว่า เจ้าชายหลิวอัน (พระนัดดาของจักรพรรดิหลิวปัง กษัตริย์องค์แรกของราชวงศ์ฮั่น) สั่งให้พ่อครัวบดถั่วเหลืองให้เป็นผงแล้วนำไปต้มเป็นน้ำซุปด้วยเกรงว่ารสจะจืดเกินไป จึงโปรดให้พ่อครัวเติมเกลือลงไปปรุงรส เพื่อถวายพระมารดาซึ่งประชวรหนักจนไม่มีแรงที่จะเคี้ยวอาหารได้

น้ำซุปถั่วเหลืองนั้นค่อย ๆ จับตัวข้นเป็นก้อนสีขาวนุ่ม ๆ เมื่อพระมารดาเสวยแล้วถึงกับรับสั่งว่า “อร่อย” เจ้าชายจึงให้เหล่าพ่อครัวค้นหาสาเหตุ จึงพบว่าเกลือบางชนิดมีผลทำให้ผงถั่วเหลืองผสมน้ำเกิดการเกาะตัวขึ้นเป็นเต้าหู้

ชาวญี่ปุ่นรู้จักการปลูกถั่วเหลืองมานานแล้ว เต้าหู้เดินทางเข้ามาในญี่ปุ่นในสมัยนารา มีการบันทึกว่า เคนโตะ พระญี่ปุ่นนำเต้าหู้มาเผยแพร่หลังจากกลับมาจากการศึกษาพุทธศาสนาที่ประเทศจีน แต่ยังเป็นอาหารที่รับประทานกันในหมู่พระญี่ปุ่น ร้อยปีถัดมา เต้าหู้จึงได้มาเป็นส่วนหนึ่งในเมนูของชนชั้นขุนนางและซามูไร ส่วนประชาชนได้ลิ้มรสในสมัยเอโดะ

แต่พวกเขาเพิ่งรู้จักวิธีดัดแปลงถั่วเหลืองนำไปปรุงเป็นเต้าหู้เมื่อพุทธศตวรรษที่ 7 โดยทางพุทธศาสนา แต่ศาสนาพุทธในสังคมญี่ปุ่นสมัยนั้นเป็นศาสนาของชนชั้นกลางและชนชั้นสูงบทบาทเต้าหู้ในอาหารญี่ปุ่นจึงจำกัดไว้กับคนเฉพาะกลุ่มซึ่งแตกต่างจากจีนที่ไม่มีการแบ่งชนชั้น

วิธีการเตรียมอาหารจีนและญี่ปุ่นต่างกัน คือ คนจีนพยายามดัดแปลงเต้าหู้ในรูปแบบต่าง ๆ มากมาย เช่น อาจเปลี่ยนรูปทรงหรือรสชาติไป ในขณะที่คนญี่ปุ่นกลับพยายามรักษาความเรียบง่ายรวมทั้งรสชาติ รูปทรงและสีสันของเต้าหู้ให้คงไว้อย่างเดิมให้มากที่สุด พร้อมกับเสิร์ฟในจานหรือถ้วยที่สวยงามจนถือว่าเป็นศิลปะขั้นสูงแขนงหนึ่ง