เทศบาลตำบลบางนกแขวก แรกเริ่มก่อตั้งตามประกาศกระทรวงลงวันที่ 4 มีนาคม พ.ศ. 2506 โดยจัดตั้งท้องถิ่นตำบลบางนกแขวกทั้งตำบล และท้องถิ่นหมู่ที่ 6 ตำบลบางคนที ขึ้นเป็น สุขาภิบาลบางนกแขวก อำเภอบางคนที จังหวัดสมุทรสงคราม โดยให้มีผลตั้งแต่วันที่ 26 มีนาคม ปีเดียวกัน[2] โดยครอบคลุมพื้นที่ตำบลบางนกแขวกทั้งตำบล และท้องถิ่นหมู่ที่ 6 ตำบลบางคนที นับเป็นสุขาภิบาลลำดับที่ 2 ของอำเภอ

ต่อมาในปี พ.ศ. 2542 ได้มีพระราชบัญญัติเปลี่ยนแปลงฐานะสุขาภิบาลทั่วประเทศเป็นเทศบาลตำบล ตามประกาศในราชกิจจานุเบกษา เล่ม 116 ตอนที่ 9 ลงวันที่ 24 กุมภาพันธ์ 2542 มีผลใช้บังคับ เมื่อวันที่ 25 พฤษภาคม 2542 สุขาภิบาลบางนกแขวก จึงเปลี่ยนแปลงฐานะเป็นเทศบาลตำบลบางนกแขวก[3] นับตั้งแต่นั้นเป็นต้นมา ซึ่งตามหลักการและเหตุผลการประกาศใช้พระราชบัญญัติฉบับนี้ ก็เพื่อให้สอดคล้องกับบทบัญญัติของรัฐธรรมนูญแห่งราชอาณาจักรไทย พ.ศ. 2540 และเป็นการกระจายอำนาจให้แก่องค์กรปกครองส่วนท้องถิ่น