เทศบาลตำบลเมืองขุขันธ์ เดิมเป็น สุขาภิบาลโดยใช้ชื่อว่า สุขาภิบาลห้วยเหนือ ตามประกาศกระทรวงมหาดไทย เมื่อวันที่ 8 พฤศจิกายน 2499 และได้เปลี่ยนแปลงฐานะเป็นเทศบาล เมื่อวันที่ 25 พฤษภาคม พ.ศ. 2542 เทศบาลตำบลเมืองขุขันธ์ ได้รับการพิจารณาจากกระทรวงมหาดไทย ตามประกาศกระทรวงมหาดไทย เรื่อง เปลี่ยนชื่อเทศบาล จากเทศบาลตำบลห้วยเหนือ เป็น เทศบาลตำบลเมืองขุขันธ์ เมื่อวันที่ 16 ธันวาคม พ.ศ. 2552 โดยเทศบาลตำบลเมืองขุขันธ์มีพื้นที่ 1.5 ตร.กม. หรือประมาณ 937.5 ไร่