การขนส่งในเขตเทศบาลนครนนทบุรีค่อนข้างที่จะสะดวกเนื่องจากเป็นเขตปริมณฑลของกรุงเทพมหานคร การเดินทางสามารถใช้บริการรถโดยสารขององค์การขนส่งมวลชนกรุงเทพ (ขสมก.), รถไฟฟ้ามหานคร สายฉลองรัชธรรม และในอนาคตจะมีรถไฟฟ้าสายสีชมพูวิ่งผ่าน

ทางหลวงแผ่นดินและทางหลวงชนบทที่ผ่านเขตเทศบาล ได้แก่ ทางหลวงแผ่นดินหมายเลข 301 (ถนนกรุงเทพฯ-นนทบุรี), ทางหลวงแผ่นดินหมายเลข 302 (ถนนงามวงศ์วาน และถนนรัตนาธิเบศร์), ทางหลวงแผ่นดินหมายเลข 306 (ถนนพิบูลสงคราม ถนนประชาราษฎร์ และถนนติวานนท์), ทางหลวงชนบท นบ.4018 (ถนนเลี่ยงเมืองนนทบุรี), ทางหลวงชนบท นบ.1020 (ถนนนครอินทร์), และทางหลวงชนบท นบ.3019 (ถนนสามัคคี และถนนเลี่ยงเมืองปากเกร็ด) นอกจากนี้ ยังมีทางพิเศษศรีรัช ผ่านพื้นที่ทางตะวันออกของเทศบาล

การเดินทางทางน้ำ มีเรือด่วนเจ้าพระยาวิ่งให้บริการ โดยสามารถขึ้นได้ที่ท่าน้ำนนทบุรี หลังศาลากลางจังหวัดหลังเก่า ท่าเรือสำคัญอื่น ๆ ได้แก่ ท่ากระทรวงพาณิชย์ ท่าน้ำนนทบุรี ท่านครอินทร์ ท่าวัดเขียน ท่าวัดตึก ท่าวัดเขมาภิรตาราม และท่าวัดปากน้ำ

ท่าอากาศยานที่อยู่ใกล้กับเทศบาลนครนนทบุรีมากที่สุด คือ ท่าอากาศยานดอนเมือง เขตดอนเมือง กรุงเทพมหานคร โดยให้บริการสายการบินต้นทุนต่ำทั้งภายในและระหว่างประเทศ