เขตเทศบาลเมืองคลองมะเดื่อมีอาณาเขตติดต่อกับเขตองค์กรปกครองส่วนท้องถิ่นข้างเคียงดังต่อไปนี้[3]

• ทิศเหนือ ติดต่อกับเขตเทศบาลตำบลสวนหลวง (อำเภอกระทุ่มแบน)
• ทิศตะวันออก ติดต่อกับเขตเทศบาลตำบลแคราย (อำเภอกระทุ่มแบน)
• ทิศใต้ ติดต่อกับเขตองค์การบริหารส่วนตำบลบางน้ำจืดและเขตเทศบาลตำบลนาดี (อำเภอเมืองสมุทรสาคร)
• ทิศตะวันตก ติดต่อกับเขตเทศบาลตำบลดอนไก่ดีและเขตเทศบาลเมืองกระทุ่มแบน (อำเภอกระทุ่มแบน)