เทศบาลเมืองนครปฐมเดิมมีฐานะเป็น สภาตำบลนครปฐม ภายหลังที่ได้มีการประกาศใช้พระราชบัญญัติสภาตำบลและองค์การบริหารส่วนตำบล พ.ศ. 2537 ในราชกิจจานุเบกษาแล้ว สภาตำบลนครปฐมจึงได้รับการจัดตั้งเป็น องค์การบริหารส่วนตำบลนครปฐม ตามประกาศกระทรวงมหาดไทยเมื่อวันที่ 25 ธันวาคม พ.ศ. 2539 โดยมีผลตั้งแต่วันที่ 23 กุมภาพันธ์ พ.ศ. 2540[2]

ต่อมากระทรวงมหาดไทยพิจารณาแล้วเห็นว่า องค์การบริหารส่วนตำบลนครปฐมมีสภาพเหมาะสม สมควรให้จัดตั้งเป็นเทศบาลเมืองได้โดยไม่ต้องผ่านการเป็นเทศบาลตำบล รัฐมนตรีว่าการกระทรวงมหาดไทยจึงประกาศจัดตั้งองค์การบริหารส่วนตำบลนครปฐม อำเภอเมืองนครปฐม จังหวัดนครปฐม เป็น เทศบาลเมืองนครปฐม โดยให้มีผลตั้งแต่วันที่ 1 มีนาคม พ.ศ. 2556 เป็นต้นไป