เมืองนราธิวาสตั้งอยู่ติดทะเลด้านอ่าวไทย บนชายฝั่งตะวันออกของคาบสมุทรมลายู สภาพโดยทั่วไปลักษณะเป็นที่ราบลุ่มริมฝั่งแม่น้ำ มีแม่น้ำบางนราเป็นแม่น้ำสายหลักไหลผ่านทางทิศตะวันออกของตัวเมือง นอกจากนี้ ยังมีแม่น้ำโคกเคียน และคลองยะกัง มีอาณาเขตโดยสังเขป ดังนี้

• ทิศเหนือ ติดทะเลด้านอ่าวไทย
• ทิศใต้ ติดกับตำบลลำภู
• ทิศตะวันออก ติดแม่น้ำบางนรา และตำบลกะลุวอเหนือ
• ทิศตะวันตก ติดกับตำบลโคกเคียน