เทศบาลเมืองบึงยี่โถมีศูนย์บริการสุขภาพชุมชน 3 แห่ง คือ

1. ศูนย์บริการสุขภาพชุมชนที่ 1 ตั้งอยู่ที่ สำนักงานเทศบาลเมืองบึงยี่โถ หมู่ที่ 1
2. ศูนย์บริการสุขภาพชุมชนที่ 2 ตั้งอยู่ที่ บริเวณวัดมูลจินดาราม หมู่ที่ 3
3. ศูนย์บริการสุขภาพชุมชนที่ 3 ตั้งอยู่ที่ บริเวณวัดเขียนเขต ถนนรังสิต-นครนายก หมู่ที่ 2 (ถ่ายโอนจากสถานีอนามัยเดิม)