ตำบลปากแพรก อำเภอเมืองกาญจนบุรี ได้ก่อตั้งขึ้นจากการแยกพื้นที่หมู่ 10,11,12 ของตำบลบ้านเหนือ และหมู่ที่ 3,4,5,7,8 ของตำบลบ้านใต้ จัดตั้งเป็นตำบลขึ้นอีกตำบลหนึ่ง ขนามนามว่า "ตำบลปากแพรก"[2] ตามประกาศกระทรวงมหาดไทยลงวันที่ 1 ธันวาคม พ.ศ. 2481 โดยให้มีผลตั้งแต่วันที่ 5 ธันวาคม ปีเดียวกัน

ในปี พ.ศ. 2517 ได้มีการจัดตั้งสภาตำบลตามประกาศของคณะปฏิวัติ ฉบับที่ 326 ลงวันที่ 13 ธันวาคม พ.ศ. 2515 โดยให้มีผลตั้งแต่วันที่ 22 พฤษภาคม 2517 และทำให้ตำบลปากแพรก มีฐานะเป็นสภาตำบลปากแพรก[3] อำเภอเมืองกาญจนบุรี จังหวัดกาญจนบุรี

และต่อมาได้มีประกาศกระทรวงมหาดไทย ยกฐานะสภาตำบลปากแพรก อำเภอเมืองกาญจนบุรี จังหวัดกาญจนบุรี ขึ้นเป็นองค์การบริหารส่วนตำบลปากแพรก[4] อำเภอเมืองกาญจนบุรี จังหวัดกาญจนบุรี ตามประกาศกระทรวงมหาดไทยลงวันที่ 19 มกราคม พ.ศ. 2539 โดยให้มีผลตั้งแต่วันที่ 30 มกราคม ปีเดียวกัน

องค์การบริหารส่วนตำบลปากแพรก ได้จัดตั้งเป็นเทศบาลตำบลปากแพรก[5] โดยอาศัยอำนาจตามพระราชบัญญัติสภาตำบลและองค์การบริหารส่วนตำบล พ.ศ. 2537 แก้ไขเพิ่มเติมถึง (ฉบับที่ 5) พ.ศ. 2546 และพระราชบัญญัติเทศบาล พ.ศ. 2496 แก้ไขเพิ่มเติมถึง (ฉบับที่ 12) พ.ศ. 2546 ตามประกาศกระทรวงมหาดไทย ลงวันที่ 16 กรกฎาคม 2551 โดยให้มีผลบังคับใช้ตั้งแต่วันที่ 25 กรกฎาคม 2551 เป็นต้นไป และเมื่อวันที่ 24 พฤษภาคม 2552 เห็นชอบให้ปรับขนาดเทศบาลตำบลปากแพรก เป็นเทศบาลตำบลขนาดกลาง

และเทศบาลตำบลปากแพรก ก็ได้ยกฐานะเป็น เทศบาลเมืองปากแพรก[6] อำเภอเมืองกาญจนบุรี จังหวัดกาญจนบุรี ซึ่งเป็นเทศบาลเมืองแห่งใหม่ล่าสุดของจังหวัดกาญจนบุรี ตามประกาศกระทรวงมหาดไทยลงวันที่ 7ตุลาคม พ.ศ. 2562 โดยให้มีผลตั้งแต่วันที่ 18 มีนาคม ปีถัดมา